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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fie | ||||||
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タイトル | RECOMBINANT HUMAN COAGULATION FACTOR XIII | ||||||
![]() | COAGULATION FACTOR XIII | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / BLOOD COAGULATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / : ...protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / : / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / extracellular space / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Yee, V.C. / Teller, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural evidence that the activation peptide is not released upon thrombin cleavage of factor XIII. 著者: Yee, V.C. / Pedersen, L.C. / Bishop, P.D. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. #1: ![]() タイトル: Transglutaminase Factor Xiii Uses Proteinase-Like Catalytic Triad to Crosslink Macromolecules 著者: Pedersen, L.C. / Yee, V.C. / Bishop, P.D. / Le Trong, I. / Teller, D.C. / Stenkamp, R.E. #2: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of a Transglutaminase: Human Blood Coagulation Factor Xiii 著者: Yee, V.C. / Pedersen, L.C. / Le Trong, I. / Bishop, P.D. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. #3: ![]() タイトル: Expression, Purification, and Characterization of Human Factor Xiii in Saccharomyces Cerevisiae 著者: Bishop, P.D. / Teller, D.C. / Smith, R.A. / Lasser, G.W. / Gilbert, T. / Seale, R.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 298 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 241.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 381.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83246.953 Da / 分子数: 2 / 断片: A-SUBUNIT (THROMBIN-CLEAVED) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6. | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 6.6 / PH range high: 6.2 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 50732 / % possible obs: 77.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.46 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 101939 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.75 Å / % possible obs: 62 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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