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- PDB-1ggw: CDC4P FROM SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ggw
タイトルCDC4P FROM SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE
要素PROTEIN (CDC4P)
キーワードCYTOKINE / LIGHT CHAIN / CYTOKINESIS / CELL CYCLE / EF-HAND
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to medial cortex / RHO GTPases activate PAKs / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / mitotic actomyosin contractile ring assembly / mitotic actomyosin contractile ring / division septum assembly / myosin II complex / cell division site / nucleus ...protein localization to medial cortex / RHO GTPases activate PAKs / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / mitotic actomyosin contractile ring assembly / mitotic actomyosin contractile ring / division septum assembly / myosin II complex / cell division site / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin regulatory light chain cdc4
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Slupsky, C.M. / Hemmingsen, S.M. / McIntosh, L.P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure of Cdc4p, a contractile ring protein essential for cytokinesis in Schizosaccharomyces pombe.
著者: Slupsky, C.M. / Desautels, M. / Huebert, T. / Zhao, R. / Hemmingsen, S.M. / McIntosh, L.P.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Cdc4p, a Contractile Ring Protein Essential for Cytokinesis in Schizosaccharomyces pombe, Interacts with a Phosphatidylinositol 4-Kinase
著者: Desautels, M. / Den Haese, J.P. / Slupsky, C.M. / McIntosh, L.P. / Hemmingsen, S.M.
履歴
登録2000年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CDC4P)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5431
ポリマ－15,5431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #5

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CDC4P) / EF-HAND PROTEIN / MYOSIN LIGHT CHAIN


分子量: 15543.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: WILD-TYPE 972 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): CDC4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q09196

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D CBCA(CO)NH
1313D C(CO)NH
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D-15N-TOCSY-HSQC
1613D-15N-NOESY-HSQC
1713D HNHB
1812D-NOESY
1912D-COSY
11013D HNHA
11113D-13C/15N-NOESY-HSQC
11214D-13C/13C-HMQC-NOESY-HMQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C,15N-LABELED CDC4P, AND 15N-LABELED CDC4P

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試料調製

詳細内容: H2O / D2O
試料状態イオン強度: 100 mM KCL / pH: 6.5 / 圧: 1.0 ATM / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.8BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JOURNAL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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