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- PDB-1ggt: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A TRANSGLUTAMINASE: HUMAN BLOOD CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ggt
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A TRANSGLUTAMINASE: HUMAN BLOOD COAGULATION FACTOR XIII
要素COAGULATION FACTOR XIII
キーワードBLOOD COAGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / : ...protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / : / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / Transglutaminase, N-terminal / Transglutaminase, C-terminal / Transglutaminase, active site / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, animal / Transglutaminase, C-terminal domain superfamily / : / Transglutaminase family / Transglutaminase family, C-terminal ig like domain ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / Transglutaminase, N-terminal / Transglutaminase, C-terminal / Transglutaminase, active site / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, animal / Transglutaminase, C-terminal domain superfamily / : / Transglutaminase family / Transglutaminase family, C-terminal ig like domain / Transglutaminases active site. / Transglutaminase-like superfamily / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Transglutaminase-like superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor XIII A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Yee, V.C. / Pedersen, L.C. / Trong, I.L. / Bishop, P.D. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional structure of a transglutaminase: human blood coagulation factor XIII.
著者: Yee, V.C. / Pedersen, L.C. / Le Trong, I. / Bishop, P.D. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: The Catalytic Triad and Proposed Mechanism of Transglutaminases Based on the Crystal Structure of Factor Xiii
著者: Pedersen, L.C. / Yee, V.C. / Trong, I.L. / Bishop, P.D. / Teller, D.C. / Stenkamp, R.E.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Human Recombinant Factor Xiii from Saccharomyces Cerevisiae: Crystallization and Preliminary X-Ray Data
著者: Bishop, P.D. / Lasser, G.W. / Trong, I.L. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Expression, Purification, and Characterization of Human Factor Xiii in Saccharomyces Cerevisiae
著者: Bishop, P.D. / Teller, D.C. / Smith, R.A. / Lasser, G.W. / Gilbert, T. / Seale, R.L.
履歴
登録1994年1月25日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET SHEET *B1A* FORMS A BETA SANDWICH DOMAIN WITH SHEETS *B2A* AND *B2B*. SHEET *B1B* FORMS A ...SHEET SHEET *B1A* FORMS A BETA SANDWICH DOMAIN WITH SHEETS *B2A* AND *B2B*. SHEET *B1B* FORMS A BETA SANDWICH DOMAIN WITH SHEETS *B2C* AND *B2D*. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, THE BIFURCATED SHEET IS REPRESENTED BY TWO SHEETS WHICH HAVE ONE OR MORE IDENTICAL STRANDS. STRANDS 3, 4, AND 5 OF SHEET *B2A* AND *B2B* ARE IDENTICAL. STRANDS 3, 4, AND 5 OF SHEET *B2C* AND *B2D* ARE IDENTICAL. IN SHEET *B7A* AND *B7B* OF *SHEET* RECORDS BELOW, STRANDS 1 - 3 AND 4 - 7 FORM TWO BETA SHEETS THAT COME TOGETHER TO MAKE A BARREL. IN SHEET *B8A* AND *B8B* OF *SHEET* RECORDS BELOW, STRANDS 1 - 3 AND 4 - 7 FORM TWO BETA SHEETS THAT COME TOGETHER TO MAKE A BARREL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAGULATION FACTOR XIII
B: COAGULATION FACTOR XIII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,4682
ポリマ－166,4682
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.200, 182.700, 93.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 411 / 2: CIS PROLINE - PRO B 411
3: GLU B 578 - PRO B 579 OMEGA = 145.65 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.590321, 0.807168, 0.000528), (0.807132, -0.5903, 0.009151), (0.007699, 0.007699, -0.99996)
ベクター: -53.0093, 104.4717, 75.66453)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 8 .. 727 B 8 .. 727 0.815

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要素

#1: タンパク質 COAGULATION FACTOR XIII


分子量: 83233.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD
参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 %
結晶化
*PLUS
温度: 20-22 ℃ / pH: 5.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bishop, P.D., (1990) J.Biol.Chem., 23, 13888.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %satammonium sulfate1reservoir0.8M
210 %satammonium sulfate1drop0.4M
320 mMsodium acetate1drop
410 mM2-mercaptoethanol1drop
50.2 %1,2,3-heptanetriol1drop
68.2 mg/mlfactor XIII1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.65→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.216 --
obs0.216 65937 97.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11382 0 0 0 11382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.183
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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