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- PDB-1ggq: OUTER SURFACE PROTEIN C (OSPC) OF BORRELIA BURGDORFERI STRAIN B31 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ggq
タイトルOUTER SURFACE PROTEIN C (OSPC) OF BORRELIA BURGDORFERI STRAIN B31
要素OUTER SURFACE PROTEIN C
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Lyme disease antigen / helical bundle / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


external side of cell outer membrane / cell surface / membrane
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein, type 6 / Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer surface protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Dunn, J.J. / Lawson, C.L.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of outer surface protein C (OspC) from the Lyme disease spirochete, Borrelia burgdorferi.
著者: Kumaran, D. / Eswaramoorthy, S. / Luft, B.J. / Koide, S. / Dunn, J.J. / Lawson, C.L. / Swaminathan, S.
履歴
登録2000年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER SURFACE PROTEIN C
B: OUTER SURFACE PROTEIN C
C: OUTER SURFACE PROTEIN C
D: OUTER SURFACE PROTEIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4145
ポリマ－74,3894
非ポリマー241
水2,018112
1
A: OUTER SURFACE PROTEIN C
B: OUTER SURFACE PROTEIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2193
ポリマ－37,1952
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
2
C: OUTER SURFACE PROTEIN C
D: OUTER SURFACE PROTEIN C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1952
ポリマ－37,1952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8770 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area28090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.206, 33.654, 47.993
Angle α, β, γ (deg.)84.04, 81.55, 89.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a dimer. There are two dimers in the asymmetric unit, chains A + B and chains C + D

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要素

#1: タンパク質
OUTER SURFACE PROTEIN C / OSPC


分子量: 18597.352 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 38-210 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
株: B31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: NATIVE, UNLIPIDATED FORM / 参照: UniProt: Q07337
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23 % (w/v) PEG 3350, 50 mM Tris/HCl pH 8.5, 100 mM MgCl2, 10% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
128-30 %PEG335011
280 mMTris-HCl11
3100 mM11MgCl2
418 %glycerol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.092
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.092 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 25209 / Num. obs: 25209 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): -10 / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Num. unique all: 2031 / % possible all: 75.4
反射
*PLUS
Num. obs: 24505 / % possible obs: 91.1 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→40.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 299506.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2418 9.9 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.2352 26797 --
obs0.231 24505 91.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.379 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.57 Å2-1.26 Å2-0.18 Å2
2--10.92 Å2-10.6 Å2
3---3.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→40.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4846 0 1 112 4959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.912.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 305 10 %
Rwork0.307 2753 -
obs--67.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 22087 / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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