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- PDB-1ggi: CRYSTAL STRUCTURE OF AN HIV-1 NEUTRALIZING ANTIBODY 50.1 IN COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ggi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN HIV-1 NEUTRALIZING ANTIBODY 50.1 IN COMPLEX WITH ITS V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN
要素
  • HIV-1 V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN
  • IGG2A 50.1 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG2A 50.1 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / Dectin-2 family / complement activation, classical pathway / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / antigen binding / host cell endosome membrane / antibacterial humoral response ...immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / Dectin-2 family / complement activation, classical pathway / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / antigen binding / host cell endosome membrane / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ig gamma-2A chain C region, A allele / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Rini, J.M. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of a human immunodeficiency virus type 1 neutralizing antibody, 50.1, in complex with its V3 loop peptide antigen.
著者: Rini, J.M. / Stanfield, R.L. / Stura, E.A. / Salinas, P.A. / Profy, A.T. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Crystallization, Sequence, and Preliminary Crystallographic Data for an Antipeptide Fab 50.1 And Peptide Complexes with the Principal Neutralizing Determinant of HIV-1 Gp120
著者: Stura, E.A. / Stanfield, R.L. / Fieser, G.G. / Silver, S. / Rogusca, M. / Hincapie, L.M. / Simmerman, H.K.B. / Profy, A.T. / Wilson, I.A.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Major Antigen-Induced Domain Rearrangements in an Antibody
著者: Stanfield, R.L. / Takimoto-Kamimura, M. / Rini, J.M. / Profy, A.T. / Wilson, I.A.
履歴
登録1993年4月2日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG2A 50.1 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A 50.1 FAB (HEAVY CHAIN)
P: HIV-1 V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN
M: IGG2A 50.1 FAB (LIGHT CHAIN)
J: IGG2A 50.1 FAB (HEAVY CHAIN)
Q: HIV-1 V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3016
ポリマ－99,3016
非ポリマー00
水00
1
L: IGG2A 50.1 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A 50.1 FAB (HEAVY CHAIN)
P: HIV-1 V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6503
ポリマ－49,6503
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
2
M: IGG2A 50.1 FAB (LIGHT CHAIN)
J: IGG2A 50.1 FAB (HEAVY CHAIN)
Q: HIV-1 V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6503
ポリマ－49,6503
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.330, 52.570, 82.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES 8, 77, 95, 141, 204 OF THE L AND M CHAINS, AND RESIDUES 149, 151, 200 OF THE H AND J CHAINS ARE CIS PROLINES.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9517, -0.0014, 0.3069), (-0.0158, -0.9989, 0.0442), (0.3065, -0.0469, -0.9507)-57.56, 21.61, -39.18
2given(0.951, -0.0002, 0.3093), (-0.01, -0.9995, 0.03), (0.3092, -0.0316, -0.9505)-57.79, 21.27, -39.59
3given(0.9792, 0.1445, 0.1425), (0.132, -0.9868, 0.0935), (0.1541, -0.0728, -0.9854)-62.58, 19.45, -36.65
4given(0.9785, 0.1548, 0.1361), (0.1415, -0.9846, 0.1025), (0.1499, -0.081, -0.9854)-62.54, 19.34, -36.41
詳細THERE ARE TWO FAB MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE TRANSFORMATIONS GIVEN ON *MTRIX* RECORDS BELOW YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS *L* AND *H* WHEN APPLIED TO CHAINS *M* AND *J*. THESE TRANSFORMATIONS HAVE BEEN PROVIDED SEPARATELY FOR THE VH AND CH DOMAINS OF THE HEAVY CHAIN AND THE VL AND CL DOMAINS OF THE LIGHT CHAIN. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE VL DOMAIN OF CHAIN *L* WHEN APPLIED TO THE VL DOMAIN OF CHAIN *M*. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE CL DOMAIN OF CHAIN *L* WHEN APPLIED TO THE CL DOMAIN OF CHAIN *M*. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 3* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE VH DOMAIN OF CHAIN *H* WHEN APPLIED TO THE VH DOMAIN OF CHAIN *J*. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 4* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE CH DOMAIN OF CHAIN *H* WHEN APPLIED TO THE CH DOMAIN OF CHAIN *J*.

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要素

#1: 抗体 IGG2A 50.1 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23994.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: ASW / 参照: EMBL: AJ131289
#2: 抗体 IGG2A 50.1 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23828.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P01863
#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN


分子量: 1827.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P05877*PLUS
Has protein modificationY
配列の詳細THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT (E.A. KABAT, T.T. WU, M. REID-MILLER, H. ...THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT (E.A. KABAT, T.T. WU, M. REID-MILLER, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN, SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 4TH ED., (1987), NATIONAL INSTITUTE OF HEALTH, BETHESDA, MD. THE PEPTIDE IS NUMBERED ACCORDING TO THE BH10 ISOLATE SEQUENCE (L. RATNER, W. HASELTINE, R. PATARCA, K.J. LIVAK, B. STARCICH, S.F. JOSEPHS, E.R. DORAN, J.A. RAFALSKI, E.A. WHITEHORN, K. BAUMEISTER, L. IVANOFF, S.R. PETTEWAY JR., M. L. PEARSON, J.A. LAUTENBERGER, T.S. PAPAS, J. GHRAYEB, N.T. CHANG, R.C. GALLO, F. WONG-STAAL (1985) NATURE V. 313, 277-284.) (*CKRIHIGPG;311-316, 319-321) (*C IS AN ACETAMIDOMETHYLATED CYSTEINE IN THE REAL PEPTIDE; HOWEVER IN THE DEPOSITED MODEL THIS IS A CYS)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.5 mg/mlFab1drop
22.5 mg/mlMP1 peptide1drop
30.2 Mimidazole malate1reservoir
414 %PEG100001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.188 / Rfactor obs: 0.188 / 最高解像度: 2.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6718 0 0 0 6718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.79
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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