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- PDB-1gg1: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF DAHP SYNTHASE IN COMPLEX WITH MN2+ ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gg1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF DAHP SYNTHASE IN COMPLEX WITH MN2+ AND 2-PHOSPHOGLYCOLATE
要素3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
キーワードLYASE / beta-alpha-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wagner, T. / Shumilin, I.A. / Bauerle, R. / Kretsinger, R.H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli: comparison of the Mn(2+)*2-phosphoglycolate and the Pb(2+)*2-phosphoenolpyruvate complexes and ...タイトル: Structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli: comparison of the Mn(2+)*2-phosphoglycolate and the Pb(2+)*2-phosphoenolpyruvate complexes and implications for catalysis.
著者: Wagner, T. / Shumilin, I.A. / Bauerle, R. / Kretsinger, R.H.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of phenylalanine-regulated 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli
著者: Shumilin, I.A. / Kretsinger, R.H. / Bauerle, R.H.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Purification, crystallization, and preliminary crystallographic analysis of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli
著者: Shumilin, I.A. / Kretsinger, R.H. / Bauerle, R.
履歴
登録2000年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
B: 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
C: 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
D: 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,85020
ポリマ－152,2384
非ポリマー1,61216
水13,331740
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16350 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area44540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.357, 53.188, 149.392
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a homotetramer constructed from chains A,B,C, and D.

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要素

#1: タンパク質
3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE / PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE / DAHP SYNTHETASE


分子量: 38059.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PTA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AB91, EC: 4.1.2.15
#2: 化合物
ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H5O6P
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: PEG 1000, 1,3-bis[tris(hydroxy-methyl)methylamino]propane, manganese sulfate, lithium sulfate, 2-phosphoglycolic acid, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17.5 mg/mlprotein1drop
20.37 mM1dropMnSO4
34.2 mMPGL1drop
40.1 M1dropLiSO4
512 %(w/v)PEG10001drop
650 mMBTP1drop
719 %PEG10001reservoir
80.1 M1reservoirLiSO4
920 %(v/v)ethanol1reservoir
1050 mMBTP1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97935
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 98421 / Num. obs: 98421 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 9630 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 357597
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.237 4957 thin shells
Rwork0.209 --
all0.211 98421 -
obs0.211 98421 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10150 0 80 740 10970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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