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- PDB-1geg: CRYATAL STRUCTURE ANALYSIS OF MESO-2,3-BUTANEDIOL DEHYDROGENASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1geg
タイトルCRYATAL STRUCTURE ANALYSIS OF MESO-2,3-BUTANEDIOL DEHYDROGENASE
要素ACETOIN REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SDR FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


diacetyl reductase [(S)-acetoin forming] / diacetyl reductase ((S)-acetoin forming) (NAD+) activity / acetoin catabolic process
類似検索 - 分子機能
Acetoin reductase / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / alpha-D-glucopyranose / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Diacetyl reductase [(S)-acetoin forming]
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Otagiri, M. / Kurisu, G. / Ui, S. / Kusunoki, M.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of meso-2,3-butanediol dehydrogenase in a complex with NAD+ and inhibitor mercaptoethanol at 1.7 A resolution for understanding of chiral substrate recognition mechanisms.
著者: Otagiri, M. / Kurisu, G. / Ui, S. / Takusagawa, Y. / Ohkuma, M. / Kudo, T. / Kusunoki, M.
履歴
登録2000年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETOIN REDUCTASE
B: ACETOIN REDUCTASE
C: ACETOIN REDUCTASE
D: ACETOIN REDUCTASE
E: ACETOIN REDUCTASE
F: ACETOIN REDUCTASE
G: ACETOIN REDUCTASE
H: ACETOIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,41736
ポリマ－212,9468
非ポリマー7,47128
水15,115839
1
A: ACETOIN REDUCTASE
B: ACETOIN REDUCTASE
C: ACETOIN REDUCTASE
D: ACETOIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,20918
ポリマ－106,4734
非ポリマー3,73514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19560 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area31660 Å2
手法PISA
2
E: ACETOIN REDUCTASE
F: ACETOIN REDUCTASE
G: ACETOIN REDUCTASE
H: ACETOIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,20918
ポリマ－106,4734
非ポリマー3,73514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19100 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area31450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.160, 109.780, 127.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
ACETOIN REDUCTASE


分子量: 26618.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / プラスミド: PUC119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q48436, acetoin dehydrogenase
#2: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 859分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 839 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 6000, 100mM HEPES, magnesium chloride, glucose, 2-mercaptoethanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 %PEG60001reservoir
21 %mercaptoethanol1reservoir
3200 mMmagnesium acetate1reservoir
41 mg/mlNAD+1reservoir
520 %glucose1reservoir
650 mMHEPES1reservoir
710 mg/mlprotein1drop
820 mMTris-HCl1drop
9100 mMmeso-BD1drop
10200 mM1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 203543 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 203217 / % possible obs: 100 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→40 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.209 -RANDOM
Rwork0.193 --
all-203217 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14904 0 484 839 16227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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