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万見
- PDB-1gee: Crystal structure of glucose dehydrogenase mutant Q252L complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gee
タイトルCrystal structure of glucose dehydrogenase mutant Q252L complexed with NAD+
要素GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase/reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / glucose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / sporulation resulting in formation of a cellular spore
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glucose 1-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of stability-increasing mutants of glucose dehydrogenase
著者: Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S.
#1: ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of glucose dehydrogenase from Bacillus megaterium IWG3 at 1.7 A resolution
著者: Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of glucose dehydrogenase from Bacillus megaterium IWG3
著者: Yamamoto, K. / Kusunoki, M. / Urabe, I. / Tabata, S. / Osaki, S.
履歴
登録2000年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
B: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
E: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
F: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0468
ポリマ－112,3924
非ポリマー2,6544
水9,404522
1
A: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
B: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
B: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0468
ポリマ－112,3924
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area21480 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area32530 Å2
手法PISA, PQS
2
E: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
F: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5234
ポリマ－56,1962
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21470 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area32440 Å2
手法PISA
3
E: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
F: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

E: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
F: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0468
ポリマ－112,3924
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.528, 66.601, 119.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological active form is tetramer. For tetramer1, apply (-x, y, -z)+a to chains A and B. For tetramer2, apply (-x, y, -z)+c to chains E and F.

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要素

#1: タンパク質
GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE


分子量: 28097.990 Da / 分子数: 4 / 変異: Q252L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: IWG3 / プラスミド: PKP1500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KP3998 / 参照: UniProt: P40288, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: sodium phosphate, PEG2000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. obs: 318004 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.95 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.83 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Num. unique all: 9118 / % possible all: 73.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GCO

1gco


解像度: 1.6→39.71 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 5388 -random
Rwork0.195 ---
all-124420 --
obs-107304 5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å2-2.62 Å2
2--3.67 Å20 Å2
3----3.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7884 0 176 522 8582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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