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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gee | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glucose dehydrogenase mutant Q252L complexed with NAD+ | ||||||
要素 | GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase/reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / glucose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus megaterium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural analysis of stability-increasing mutants of glucose dehydrogenase 著者: Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S. #1: ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of glucose dehydrogenase from Bacillus megaterium IWG3 at 1.7 A resolution 著者: Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of glucose dehydrogenase from Bacillus megaterium IWG3 著者: Yamamoto, K. / Kusunoki, M. / Urabe, I. / Tabata, S. / Osaki, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gee.cif.gz | 216 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gee.ent.gz | 173.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gee.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gee_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gee_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1gee_validation.xml.gz | 44.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gee_validation.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/1gee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/1gee | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological active form is tetramer. For tetramer1, apply (-x, y, -z)+a to chains A and B. For tetramer2, apply (-x, y, -z)+c to chains E and F. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28097.990 Da / 分子数: 4 / 変異: Q252L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 株: IWG3 / プラスミド: PKP1500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KP3998 / 参照: UniProt: P40288, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: sodium phosphate, PEG2000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→100 Å / Num. obs: 318004 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.95 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.83 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Num. unique all: 9118 / % possible all: 73.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GCO 解像度: 1.6→39.71 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.71 Å
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拘束条件 |
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