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万見
- PDB-1gco: CRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOSE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gco
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOSE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH NAD+
要素GLUCOSE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase/reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / glucose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / sporulation resulting in formation of a cellular spore
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glucose 1-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S.
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of glucose dehydrogenase from Bacillus megaterium IWG3 at 1.7 A resolution.
著者: Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of glucose dehydrogenase from Bacillus megaterium IWG3
著者: Yamamoto, K. / Kusunoki, M. / Urabe, I. / Tabata, S. / Osaki, S.
履歴
登録2000年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_biol
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ..._pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3]
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSE DEHYDROGENASE
B: GLUCOSE DEHYDROGENASE
E: GLUCOSE DEHYDROGENASE
F: GLUCOSE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1068
ポリマ－112,4524
非ポリマー2,6544
水10,124562
1
A: GLUCOSE DEHYDROGENASE
B: GLUCOSE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: GLUCOSE DEHYDROGENASE
B: GLUCOSE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1068
ポリマ－112,4524
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area21510 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area32370 Å2
手法PISA
2
E: GLUCOSE DEHYDROGENASE
F: GLUCOSE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

E: GLUCOSE DEHYDROGENASE
F: GLUCOSE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1068
ポリマ－112,4524
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area21530 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area32340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.675, 66.557, 119.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
GLUCOSE DEHYDROGENASE


分子量: 28112.963 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: IWG3 / プラスミド: PKP1500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40288, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG2000, sodium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 294 K
詳細: used microseeding, Yamamoto, K., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 1443.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
240 mMsodium phosphate1drop
328 %(w/v)PEG20001reservoir
44 mMNAD+1reservoir
540 mMsodium phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 357354 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.77 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.71 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Num. unique all: 8013 / % possible all: 77.3
反射
*PLUS
Num. obs: 94821 / Num. measured all: 357354
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.3 % / Mean I/σ(I) obs: 11.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→34.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2894287.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 4979 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 94583 90.7 %-
all-94821 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.5391 Å2 / ksol: 0.314666 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7888 0 176 562 8626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.791.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.232.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 668 5 %
Rwork0.216 12803 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.791.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.522
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.232.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.241 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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