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万見
- PDB-1gcp: CRYSTAL STRUCTURE OF VAV SH3 DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gcp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF VAV SH3 DOMAIN
要素VAV PROTO-ONCOGENE
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 DOMAIN / VAV
機能・相同性
機能・相同性情報


Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / Erythropoietin activates RAS / RAC2 GTPase cycle / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / NRAGE signals death through JNK / Signaling by SCF-KIT / VEGFR2 mediated vascular permeability / RHOA GTPase cycle ...Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / Erythropoietin activates RAS / RAC2 GTPase cycle / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / NRAGE signals death through JNK / Signaling by SCF-KIT / VEGFR2 mediated vascular permeability / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (12/13) signalling events / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / phosphorylation-dependent protein binding / Regulation of signaling by CBL / RHOG GTPase cycle / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of cell size / T cell differentiation / phagocytosis / phosphotyrosine residue binding / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cell adhesion / reactive oxygen species metabolic process / T cell activation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / integrin-mediated signaling pathway / cell-cell junction / cell migration / intracellular signal transduction / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Calponin homology domain ...VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Calponin homology domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / SH3 Domains / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene vav
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nishida, M. / Nagata, K. / Hachimori, Y. / Ogura, K. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Novel recognition mode between Vav and Grb2 SH3 domains.
著者: Nishida, M. / Nagata, K. / Hachimori, Y. / Horiuchi, M. / Ogura, K. / Mandiyan, V. / Schlessinger, J. / Inagaki, F.
履歴
登録2000年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VAV PROTO-ONCOGENE
B: VAV PROTO-ONCOGENE
C: VAV PROTO-ONCOGENE
D: VAV PROTO-ONCOGENE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1204
ポリマ－32,1204
非ポリマー00
水3,423190
1
A: VAV PROTO-ONCOGENE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0301
ポリマ－8,0301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: VAV PROTO-ONCOGENE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0301
ポリマ－8,0301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: VAV PROTO-ONCOGENE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0301
ポリマ－8,0301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: VAV PROTO-ONCOGENE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0301
ポリマ－8,0301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.205, 101.115, 39.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
VAV PROTO-ONCOGENE


分子量: 8029.990 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HEMATOPOIETIC CELLS / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27870
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 %
結晶化温度: 277.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, tris(hydroxymethyl)aminomethane, isopropanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.2K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15.0 mMprotein1drop
2100 mMTris-HCl1reservoir
330 %(w/v)PEG40001reservoir
49 %(v/v)isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→8 Å / Num. all: 14004 / Num. obs: 14004 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Num. unique all: 1048 / % possible all: 70.7
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 84381

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Vav SH3 domain in 1GCQ

1gcq


解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 680 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.198 13692 --
obs0.196 13606 93.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2151 0 0 190 2341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.562
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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