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- PDB-1gbs: CRYSTAL STRUCTURE OF BLACK SWAN GOOSE-TYPE LYSOZYME AT 1.8 ANGSTR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gbs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BLACK SWAN GOOSE-TYPE LYSOZYME AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素AUSTRALIAN BLACK SWAN EGG WHITE LYSOZYME
キーワードHYDROLASE (O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 23 / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cygnus atratus (コクチョウ)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Rao, Z. / Machin, K. / Isaacs, N.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: A strategy for rapid and effective refinement applied to black swan lysozyme.
著者: Rao, Z. / Esnouf, R. / Isaacs, N. / Stuart, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: A Strategy for Rapid and Effective Refinement Applied to Black Swan Lysozyme
著者: Rao, Z. / Esnouf, R. / Isaacs, N. / Stuart, D.
#2: ジャーナル: Thesis, University of Melbourne / 年: 1989
タイトル: Structure Determination and Refinement of the Goose-Type Lysozyme from the Black Swan
著者: Rao, Z.
#3: ジャーナル: Aust.J.Biol.Sci. / 年: 1985
タイトル: Structure of a G-Type Goose_Type Lysozyme at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Isaacs, N. / Machin, K. / Masakuno, M.
履歴
登録1995年3月15日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AUSTRALIAN BLACK SWAN EGG WHITE LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4341
ポリマ－20,4341
非ポリマー00
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.800, 65.400, 38.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 AUSTRALIAN BLACK SWAN EGG WHITE LYSOZYME


分子量: 20434.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cygnus atratus (コクチョウ) / 参照: UniProt: P00717, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 19189 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
タンパク質精密化
CCP4精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.5→20 Å / σ(I): 0 /
Rfactor反射数%反射
obs0.184 19189 95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1434 0 0 152 1586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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