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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gar | ||||||
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タイトル | TOWARDS STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN: CRYSTAL STRUCTURE OF A MULTISUBSTRATE ADDUCT COMPLEX OF GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE AT 1.96 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE (FORMYL) | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / DNA damage response / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Wilson, I.A. / Klein, C. / Chen, P. / Arevalo, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Towards structure-based drug design: crystal structure of a multisubstrate adduct complex of glycinamide ribonucleotide transformylase at 1.96 A resolution. 著者: Klein, C. / Chen, P. / Arevalo, J.H. / Stura, E.A. / Marolewski, A. / Warren, M.S. / Benkovic, S.J. / Wilson, I.A. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Glycinamide Ribonucleotide Transformylase from Escherichia Coli at 3.0 Angstroms Resolution. A Target Enzyme for Chemotherapy 著者: Chen, P. / Schulze-Gahmen, U. / Stura, E.A. / Inglese, J. / Johnson, D.L. / Marolewski, A. / Benkovic, S.J. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 629 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 650.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23266.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P08179, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22.5 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MULTIWIRE AREA DETECTOR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 22588 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.96 Å / Num. measured all: 47736 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.96→6 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 22588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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