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万見
- PDB-5hhc: Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {RFX037 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hhc
タイトルCrystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {RFX037 plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21/n
要素
  • D- Vascular endothelial growth factor-A
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードDE NOVO PROTEIN / HETEROCHIRAL PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / D-PROTEIN ANTAGONIST / GROWTH FACTOR-INHIBITOR COMPLEX / RACEMIC PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / post-embryonic camera-type eye development / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood-brain barrier permeability / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lung vasculature development / lymphangiogenesis / eye photoreceptor cell development / positive regulation of trophoblast cell migration / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / positive regulation of epithelial tube formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / camera-type eye morphogenesis / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / positive regulation of vascular permeability / tube formation / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cardiac muscle cell development / epithelial cell maturation / sprouting angiogenesis / positive regulation of positive chemotaxis / endothelial cell proliferation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of leukocyte migration / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / artery morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / negative regulation of fat cell differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / outflow tract morphogenesis / positive regulation of focal adhesion assembly / mesoderm development / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / positive regulation of cell division / fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mammary gland alveolus development / vasculogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / epithelial cell differentiation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Uppalapati, M. / Lee, D.J. / Mandal, K. / Kent, S.B.H. / Sidhu, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)RR-15301 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: A Potent d-Protein Antagonist of VEGF-A is Nonimmunogenic, Metabolically Stable, and Longer-Circulating in Vivo.
著者: Uppalapati, M. / Lee, D.J. / Mandal, K. / Li, H. / Miranda, L.P. / Lowitz, J. / Kenney, J. / Adams, J.J. / Ault-Riche, D. / Kent, S.B. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2016年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor A
B: Vascular endothelial growth factor A
C: D- Vascular endothelial growth factor-A
D: D- Vascular endothelial growth factor-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6966
ポリマ－39,5124
非ポリマー1842
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.290, 87.240, 81.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.42, 90.00
Int Tables number14
Space group name H-MP121/n1

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15692
#2: タンパク質 D- Vascular endothelial growth factor-A


分子量: 7807.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES at pH 7.0 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 11% (v/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 43802 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 1.625 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GLN

4gln


解像度: 2.1→49.62 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 2168 5.04 %Random selection
Rwork0.261 ---
obs0.263 43012 98.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2608 0 12 177 2797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2113760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5441040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0993-2.14810.43381210.3762448X-RAY DIFFRACTION88
2.1481-2.20180.41941380.3552736X-RAY DIFFRACTION99
2.2018-2.26140.38761630.32452712X-RAY DIFFRACTION99
2.2614-2.32790.32221280.30612741X-RAY DIFFRACTION99
2.3279-2.4030.36411490.30612759X-RAY DIFFRACTION99
2.403-2.48890.31561310.29992731X-RAY DIFFRACTION99
2.4889-2.58860.39891480.30362726X-RAY DIFFRACTION100
2.5886-2.70640.33471380.29092768X-RAY DIFFRACTION100
2.7064-2.84910.36251420.29112724X-RAY DIFFRACTION100
2.8491-3.02750.35461520.29222756X-RAY DIFFRACTION100
3.0275-3.26120.31961530.27982755X-RAY DIFFRACTION100
3.2612-3.58940.28421510.25662741X-RAY DIFFRACTION100
3.5894-4.10850.3111400.23272766X-RAY DIFFRACTION100
4.1085-5.17540.22041370.19742761X-RAY DIFFRACTION100
5.1754-49.63550.27881770.23892720X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.573-0.2435-0.61140.19730.02381.1846-0.13050.0367-0.06210.04130.12760.0052-0.01440.17510.00020.3553-0.0609-0.04120.3995-0.01260.37114.985897.98410.7278
20.07990.0316-0.03480.1389-0.04040.0460.06760.51980.48330.1651-0.1245-0.1989-0.60980.1744-0.00090.7275-0.0893-0.070.653-0.00590.691621.6945116.5201-11.1899
30.8844-0.3618-1.23290.75270.21871.7671-0.0039-0.01220.02710.0402-0.0026-0.0296-0.27550.18760.00020.4052-0.1522-0.03640.50510.01210.384422.9135106.6287-1.6896
40.2089-0.37280.22890.8604-0.39390.25330.6509-0.53390.1032-0.1101-0.4922-0.231-0.31290.5460.01870.5432-0.1504-0.07930.74240.02630.586926.0322104.900514.7656
50.1735-0.11940.41630.412-0.34511.049-0.210.26150.0227-0.02780.0381-0.02060.1651-0.0950.00020.4501-0.0397-0.02850.4566-0.00560.40916.518197.5735-0.9757
60.74430.03520.77020.8237-0.51831.1617-0.15710.22870.1438-0.0496-0.03210.0795-0.4052-0.6267-0.00020.4350.0081-0.0470.4961-0.02490.414.421999.9898.9634
70.67540.0315-0.56720.6727-0.52450.8751-0.180.02690.19680.07510.2157-0.01010.1794-0.7762-0.00870.3424-0.0405-0.01720.5034-0.00490.36991.890894.592714.34
80.15320.0014-0.03760.12990.00480.0093-0.65030.9141-0.1096-0.7131-0.3011-0.30680.6412-0.1008-0.00160.5945-0.1911-0.01220.612-0.01050.47876.329490.4465-5.1535
91.0090.48451.0181.11680.13314.0683-0.1876-0.2281-0.0127-0.0062-0.0242-0.0511-0.22770.1521-00.47450.0178-0.02120.44180.01350.390312.850794.062934.289
100.5439-0.4946-0.20442.3972.54242.9349-0.10090.054-0.0519-0.0859-0.10150.10210.21650.01750.00020.5019-0.044-0.01410.56390.01940.443223.637193.8468-23.4857
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 32 THROUGH 38 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 39 THROUGH 92 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 93 THROUGH 96 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 31 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 32 THROUGH 58 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 59 THROUGH 92 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 93 THROUGH 96 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 10 THROUGH 64 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'D' AND (RESID 10 THROUGH 64 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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