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- PDB-1g9h: TERNARY COMPLEX BETWEEN PSYCHROPHILIC ALPHA-AMYLASE, COMII (PSEUD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g9h
タイトルTERNARY COMPLEX BETWEEN PSYCHROPHILIC ALPHA-AMYLASE, COMII (PSEUDO TRI-SACCHARIDE FROM BAYER) AND TRIS (2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL)
要素ALPHA-AMYLASE
キーワードHYDROLASE / ALPHA-BETA 8 BARREL / 3 DOMAIN STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Aghajari, N. / Roth, M. / Haser, R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystallographic evidence of a transglycosylation reaction: ternary complexes of a psychrophilic alpha-amylase.
著者: AGHAJARI, N. / ROTH, M. / HASER, R.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: STRUCTURES OF THE PSYCHROPHILIC ALTEROMONAS HALOPLANCTIS ALPHA-AMYLASE GIVE INSIGHTS INTO COLD ADAPTATION AT A MOLECULAR LEVEL
著者: AGHAJARI, N. / FELLER, G. / Gerday, C.H. / HASER, R.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: CRYSTAL STRUCTURES OF THE PSYCHROPHILIC ALPHA-AMYLASE FROM ALTEROMONAS HALOPLANCTIS IN ITS NATIVE FORM AND COMPLEXED WITH AN INHIBITOR
著者: AGHAJARI, N. / FELLER, G. / Gerday, C.H. / HASER, R.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY X-RAY DIFFRACTION STUDIES OF ALPHA-AMYLASE FROM THE ANTARCTIC PSYCHROPHILE ALTEROMONAS HALOPLANCTIS A23
著者: AGHAJARI, N. / FELLER, G. / Gerday, C.H. / HASER, R.
履歴
登録2000年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.62018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN HET GROUP USED IN THE FILE AS DAF IS ALSO KNOWN AS: ACARVIOSINE (VALIENAMINE + 4-AMINO-4, ...HETEROGEN HET GROUP USED IN THE FILE AS DAF IS ALSO KNOWN AS: ACARVIOSINE (VALIENAMINE + 4-AMINO-4, 6-DIDEOXY-A-D-GLUCOSE)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-AMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6235
ポリマ－48,9471
非ポリマー6754
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.330, 138.680, 114.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 ALPHA-AMYLASE


分子量: 48947.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMPLEXED WITH TRI-SACCHARIDE AND TRIS
由来: (天然) Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)
株: A23 / 参照: UniProt: P29957, alpha-amylase
#2: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,5R,6S)-3-formyl-5,6-dihydroxy-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-xylo-hex-5- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,5R,6S)-3-formyl-5,6-dihydroxy-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-xylo-hex-5-enopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 477.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 277分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, Hepes, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.9828 Å
検出器タイプ: THOMSON/PRINCETON / 検出器: CCD / 日付: 1996年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9828 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.28 Å / Num. all: 43621 / Num. obs: 43621 / % possible obs: 82.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4168 / % possible all: 54.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
ROTAVATAデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
XDSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1AQH

1aqh


解像度: 1.8→44.28 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Following residues have been refined in double conformations: Arg 49, Thr 96, Ser 102, Arg 234, Arg 282, Arg 373, Val 420
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2009 4227 -RANDOM
Rwork0.168 ---
all-43621 --
obs-43553 82.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3505 0 43 274 3822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
1.8-1.880.3812770.365X-RAY DIFFRACTION2550
1.88-1.980.3184030.295X-RAY DIFFRACTION3696
1.98-2.110.2744880.244X-RAY DIFFRACTION4251
2.11-2.270.2354990.212X-RAY DIFFRACTION4723
2.27-2.50.2495880.195X-RAY DIFFRACTION5149
2.5-2.860.2046180.172X-RAY DIFFRACTION5524
2.86-3.60.1746880.138X-RAY DIFFRACTION5749
3.6-44.280.156660.12X-RAY DIFFRACTION6034

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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