PDB-1g9f: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SOYBEAN AGGLUTININ IN A COMPLEX WITH A B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g9f

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE SOYBEAN AGGLUTININ IN A COMPLEX WITH A BIANTENNARY BLOOD GROUP ANTIGEN ANALOG

要素

LECTIN

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / JELLY-ROLL FOLD / LEGUME LECTIN

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Buts, L. / Hamelryck, T.W. / Dao-Thi, M.-H. / Loris, R. / Wyns, L. / Etzler, M.E.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Weak protein-protein interactions in lectins: the crystal structure of a vegetative lectin from the legume Dolichos biflorus.
著者: Buts, L. / Dao-Thi, M.H. / Loris, R. / Wyns, L. / Etzler, M. / Hamelryck, T.

履歴

登録	2000年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1g9f.cif.gz	63.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1g9f.ent.gz	44.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1g9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g7yC 1g8wC 1sbd 1sbf 2sba C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1d5b-d 2o59-1 6kx6-d 6bgc-d 5nek-d 5t8y-d 2o54-2 6p40-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (7) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (7)

登録構造単位

A: LECTIN

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LECTIN

ヘテロ分子

A: LECTIN

ヘテロ分子

A: LECTIN

ヘテロ分子

A: LECTIN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	3_645	-y+1,x-1/2,z+1/4	1
crystal symmetry operation	6_556	x,-y+1/2,-z+5/4	1
crystal symmetry operation	8_666	-y+1,-x+1,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.640, 122.640, 90.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

詳細

The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: - monomer B: symmetry -X,-Y,Z translation (245.28,0,0) - monomer C: symmetry -Y,-X,-Z translation (122.64,122.64,90,56) - monomer D: symmetry Y,X,-Z translation (122.64,122.64,90.56)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	LECTIN / AGGLUTININ / SBA 分子量: 27595.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glycine max (ダイズ) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P05046

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-[beta-D-galactopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2[DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-1-2-1/a2-b1_a3-d1_b4-c1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 11分子

#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.1 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: protein,carbohydrate,HEPES,CaCl(2),MnCl(2),NaCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

pH: 5.6

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	5-7 mg/ml	protein	1	reservoir
2	100 mM	sodium citrate	1	reservoir
3	8-12 %(w/v)	PEG6000	1	reservoir
4	0.2-0.4 M		1	reservoir	NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射	モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 72368 / Num. obs: 57894 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7
反射	PLUS Num. all: 57894 / Num. obs: 19716 / % possible obs: 80 % / Num. measured all*: 72368
反射シェル	PLUS % possible obs*: 72.7 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR		モデル構築
CNS	1	精密化
X-GEN		データ削減
X-GEN		データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: soybean agglutinin

解像度: 2.5→20 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1969940.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	1125	10.3 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
all	0.19	10942	-	-
obs	0.19	10942	89.4 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 43.72 Å² / k_sol: 0.302 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.73 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.31 Å	0.23 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.41 Å	0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1793	0	92	9	1894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.8
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.26	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	3.35	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.82	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	5.07	2.5

Refine LS restraints NCS

NCS model details: CONSTR

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.66 Å / R_factor R_free error: 0.026 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	143	-
R_work	0.247	0	-
obs	-	1457	80.2 %

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 10.3 % / R_factor obs: 0.19 / R_factor R_free: 0.23 / R_factor R_work: 0.19

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 23.8 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	25.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.8
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.306 / R_factor R_work: 0.247

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
糖 , 2種, 2分子

-
非ポリマー , 3種, 11分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-糖 , 2種, 2分子

-非ポリマー , 3種, 11分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
糖 , 2種, 2分子

-
非ポリマー , 3種, 11分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)