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- PDB-1g8p: CRYSTAL STRUCTURE OF BCHI SUBUNIT OF MAGNESIUM CHELATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g8p
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BCHI SUBUNIT OF MAGNESIUM CHELATASE
要素MAGNESIUM-CHELATASE 38 KDA SUBUNIT
キーワードphotosynthesis / metal transport / PARALLEL BETA SHEET / P-LOOP / ROSSMANN FOLD / AAA+
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriochlorophyll biosynthetic process / magnesium chelatase / magnesium chelatase activity / photosynthesis / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Magnesium chelatase subunit I, C-Terminal domain / Magnesium chelatase, ATPase subunit I / ChlI/MoxR, AAA lid domain / AAA lid domain / Magnesium-chelatase subunit ChlI-like / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities ...Magnesium chelatase subunit I, C-Terminal domain / Magnesium chelatase, ATPase subunit I / ChlI/MoxR, AAA lid domain / AAA lid domain / Magnesium-chelatase subunit ChlI-like / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Magnesium-chelatase 38 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fodje, M.N. / Hansson, A. / Hansson, M. / Olsen, J.G. / Gough, S. / Willows, R.D. / Al-Karadaghi, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Interplay between an AAA module and an integrin I domain may regulate the function of magnesium chelatase.
著者: Fodje, M.N. / Hansson, A. / Hansson, M. / Olsen, J.G. / Gough, S. / Willows, R.D. / Al-Karadaghi, S.
履歴
登録2000年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAGNESIUM-CHELATASE 38 KDA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9461
ポリマ－37,9461
非ポリマー00
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.259, 90.259, 83.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 MAGNESIUM-CHELATASE 38 KDA SUBUNIT / MG-PROTOPORPHYRIN IX CHELATASE


分子量: 37946.340 Da / 分子数: 1 / 断片: BCHI SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
遺伝子: BCHI_RHOCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26239
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 2000, Tris , MgCl2, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
216 %(w/v)PEG20001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.958 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年5月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 22664 / Num. obs: 22179 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 312841.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Maximum likelihood target
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2207 10 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.233 22664 --
obs0.214 22179 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.33 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.35 Å21.52 Å20 Å2
2---1.35 Å20 Å2
3---2.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2457 0 0 218 2675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.352.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 370 10.3 %
Rwork0.237 3229 -
obs--97 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.284 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor Rwork: 0.237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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