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- PDB-1g7u: CRYSTAL STRUCTURES OF KDO8P SYNTHASE IN ITS BINARY COMPLEX WITH S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g7u
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF KDO8P SYNTHASE IN ITS BINARY COMPLEX WITH SUBSTRATE PHOSPHOENOL PYRUVATE
要素2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
キーワードLYASE (リアーゼ) / beta-alpha-barrels / lipopolysaccharide (リポ多糖)
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOENOLPYRUVATE / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Asojo, O.A. / Friedman, J.M. / Belakhov, V. / Shoham, Y. / Adir, N. / Baasov, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of KDOP synthase in its binary complexes with the substrate phosphoenolpyruvate and with a mechanism-based inhibitor.
著者: Asojo, O. / Friedman, J. / Adir, N. / Belakhov, V. / Shoham, Y. / Baasov, T.
履歴
登録2000年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年2月7日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0812
ポリマ－30,9131
非ポリマー1681
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3238
ポリマ－123,6514
非ポリマー6724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
Buried area16750 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area38040 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.900, 117.900, 117.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE / KDO 8-P SYNTHASE


分子量: 30912.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A715, EC: 4.1.2.16
#2: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸 / ホスホエノールピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: MES 61mM pH 6.1, Glycerol 25% v/v, PEG 400 10% v/v, 3mg/mL PEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris-HCl1drop
20.02 %beta-mercaptoethanol1drop
30.02 %sodium azide1drop
445 mg/mlprotein1drop
561 mMMOPS1reservoir
625 %(v/v)glycerol1reservoir
710 %(v/v)PEG4001reservoir
810 mMphosphoenolpyruvate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 18541 / Num. obs: 7645 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 51.113 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Num. unique all: 692 / % possible all: 85.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 85.8 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 85.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.281 317 random
Rwork0.228 --
obs0.231 6811 -
all-7985 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2167 0 10 15 2192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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