PDB-1g71: CRYSTAL STRUCTURE OF PYROCOCCUS FURIOSUS DNA PRIMASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g71

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF PYROCOCCUS FURIOSUS DNA PRIMASE

要素

DNA PRIMASE

キーワード

REPLICATION / zinc-knuckle

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA primase activity / primosome complex / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Augustin, M.A. / Huber, R. / Kaiser, J.T.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a DNA-dependent RNA polymerase (DNA primase).
著者: Augustin, M.A. / Huber, R. / Kaiser, J.T.

履歴

登録	2000年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1g71.cif.gz	159.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1g71.ent.gz	126.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1g71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dd9 1dde 1eqn
類似構造データ	4z9j-d 3h6s-2 1v34-d 5tpm-2 2p33-d 3h6s-1 1eb7-d 6he6-d 4lop-1 3h6s-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA PRIMASE

B: DNA PRIMASE

ヘテロ分子

82.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA PRIMASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA PRIMASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.883, 136.326, 61.877
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	DNA PRIMASE 分子量: 40841.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / プラスミド: PET 22 B (+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 DE3 / 参照: UniProt: Q9P9H1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.1M Tris/Cl, 2M Ammoniumsulfate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 8.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	100 mM	Tris-Cl	1	reservoir	pH8.5
2	2 M	ammonium sulfate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→17.31 Å / Num. all: 49651 / Num. obs: 46200 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 34.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / R_merge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 6179 / % possible all: 84.1
反射	PLUS % possible obs*: 93 %
反射シェル	PLUS % possible obs*: 74.8 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
CNS	1	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→500 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	4646	9.4 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
all	-	49651	-	-
obs	-	46200	93 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: bulk_solvent correction cns 1.0 / B_sol: 62.4884 Å² / k_sol: 0.38931 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.82 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.69 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å / Luzzati d res low obs: 20 Å / Luzzati sigma a obs: 0.07 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→500 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5704	0	28	338	6070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009493
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4479
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.9

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.32 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	86	12.5 %
R_work	0.232	687	-

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 500 Å / σ(F): 0 / % reflection R_free: 9.4 % / R_factor obs: 0.2108

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.9

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.263 / % reflection R_free: 12.5 % / R_factor R_work: 0.232

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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