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万見
- PDB-1g4q: RNA/DNA HYBRID DECAMER OF CAAAGAAAAG/CTTTTCTTTG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g4q
タイトルRNA/DNA HYBRID DECAMER OF CAAAGAAAAG/CTTTTCTTTG
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3'
  • 5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
キーワードDNA-RNA HYBRID / RNA/DNA HYBRID / POLYPURINE TRACT OF HIV-1 / DIRECT METHODS / DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Han, G.W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Direct-methods determination of an RNA/DNA hybrid decamer at 1.15 A resolution.
著者: Han, G.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: An unusual sugar conformation in the structure of an RNA/DNA decamer of the polypurine tract may affect recognition by RNase H.
著者: Kopka, M.L. / Lavelle, L. / Han, G.W. / Ng, H.L. / Dickerson, R.E.
履歴
登録2000年10月27日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02003年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4856
ポリマ－6,2472
非ポリマー2384
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.699, 41.067, 46.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量: 3255.076 Da / 分子数: 1 / 断片: POLYPURINE TRACT OF HIV-1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3'


分子量: 2991.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: calcium acetate, spermidine, beta-octaglucoside, MPD, sodium cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1calcium acetate11
2spermidine11
3beta-octaglucoside11
4MPD11
5sodium cacodylate11
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Han, G.W., (1997) J.Mol.Biol., 269, 811.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.17 mMDNA decamer1dropdouble helix
21.53 mMmagnesium acetate1drop
30.17 mMspermidine1drop
40.05 %(v/v)beta-octaglucoside1drop
59.5 %(v/v)MPD1drop
61

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→9.59 Å / Num. obs: 19181 / % possible obs: 93.5 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.081 / Num. unique all: 19181 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 65.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.15→9.59 Å / Num. parameters: 4330 / Num. restraintsaints: 11665 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: Konnert-Hendrickson conjugate-gradient algorithm
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 864 -RANDOM
Rwork0.143 ---
all-16408 --
obs-16408 96.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→9.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 414 3 145 562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.019
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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