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- PDB-1g41: CRYSTAL STRUCTURE OF HSLU HAEMOPHILUS INFLUENZAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g41
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HSLU HAEMOPHILUS INFLUENZAE
要素HEAT SHOCK PROTEIN HSLU
キーワードCHAPERONE / AAA-ATPASE / CLPY / ATP-DEPENDENT PROTEOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


HslUV protease complex / proteasome-activating activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein HslU / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core ...Heat shock protein HslU / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Trame, C.B. / McKay, D.B.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of Haemophilus influenzae HslU protein in crystals with one-dimensional disorder twinning.
著者: Trame, C.B. / McKay, D.B.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Crystal and Solution Structures of an HslUV Protease-Chaperone Complex
著者: Sousa, M.C. / Trame, C.B. / Tsuruta, H. / Wilbanks, S.M. / Reddy, V.S. / McKay, D.B.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: The Structures of HslU and the ATP-dependent Protease HslU-HslV
著者: Bochtler, M. / Hartmann, C. / Song, H.K. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Huber, R.
履歴
登録2000年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEAT SHOCK PROTEIN HSLU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9653
ポリマ－49,4421
非ポリマー5232
水1,72996
1
A: HEAT SHOCK PROTEIN HSLU
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,78918
ポリマ－296,6496
非ポリマー3,14012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.620, 110.620, 335.83
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-528-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from a protomer in the asymmetric unit by the operations: -Y,X-Y,Z and Y-X,-X,Z and -X,-Y,Z and Y,Y-X,Z and X-Y,X,Z

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要素

#1: タンパク質 HEAT SHOCK PROTEIN HSLU


分子量: 49441.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HSLU / プラスミド: PRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43773
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3
詳細: PEGMME 2000, lithium sulphate, MPD, magnesium sulphate, ADP, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
116-20 mg/mlprotein1drop
20.1 M1dropKCl
35 mMbeta-mercaptoethanol1drop
41 mM1dropMgCl2
520 mMpotassium phosphate1drop
67 mMADP1drop
710 %PEG2000MME1reservoir
80.38 M1reservoirLiSO4
94 mM1reservoirMgSO4
106 %MPD1reservoir
11100 mMtricine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月3日 / 詳細: double crystal monochromator, mirrors
放射モノクロメーター: Double-Crystal Si 111 crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35.4 Å / Num. all: 53223 / Num. obs: 53223 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.17 % / Biso Wilson estimate: 11.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 5.8 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Num. unique all: 2563 / Rsym value: 12.4 / % possible all: 95.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 168887
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 95.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DO0

1do0


解像度: 2.3→35.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high rms absF: 250583.9 / Isotropic thermal model: group / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Twinning in the crystal produces the P 622 space group and an extended unit cell. Refinement was performed in this setting for one molecule in the asymmetric unit. Please see journal citation ...詳細: Twinning in the crystal produces the P 622 space group and an extended unit cell. Refinement was performed in this setting for one molecule in the asymmetric unit. Please see journal citation for additional details.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 4983 10.1 %RANDOM
Rwork0.264 ---
all0.264 53223 --
obs0.264 49568 89.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 36.3531 Å2 / ksol: 0.33177 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.42 Å2-0.56 Å20 Å2
2---22.42 Å20 Å2
3---44.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2567 0 32 97 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.14
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it7.1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it11
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it11.1
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it15.8
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 743 10 %
Rwork0.387 --
obs-6707 83.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2cis_peptide.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramwater_protin.top
X-RAY DIFFRACTION4adp_xplor_par.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.param
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 35.4 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 46.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it15.8
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.394 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.387 / Rfactor obs: 0.387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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