PDB-1g3x: INTERCALATION OF AN 9ACRIDINE-PEPTIDE DRUG IN A DNA DODECAMER

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g3x

タイトル

INTERCALATION OF AN 9ACRIDINE-PEPTIDE DRUG IN A DNA DODECAMER

要素

5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
N(ALPHA)-(9-ACRIDINOYL)-TETRAARGININE-AMIDE

キーワード

DNA / DRUG-PEPTIDE ADDUCT / INTERCALATION / MG+2 IONS

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Malinina, L. / Soler-Lopez, M. / Aymami, J. / Subirana, J.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Intercalation of an acridine-peptide drug in an AA/TT base step in the crystal structure of [d(CGCGAATTCGCG)](2) with six duplexes and seven Mg(2+) ions in the asymmetric unit.
著者: Malinina, L. / Soler-Lopez, M. / Aymami, J. / Subirana, J.A.

履歴

登録	2000年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2024年7月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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文書・詳細版	1g3x_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
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CIF形式データ	1g3x_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/1g3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/1g3x	HTTPS FTP

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類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

C: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

E: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

F: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

G: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

H: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

I: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

J: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

K: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

L: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

M: N(ALPHA)-(9-ACRIDINOYL)-TETRAARGININE-AMIDE

ヘテロ分子

45 kDa, 13 ポリマー
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1

A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.38 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

登録者が定義した集合体
7.33 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

F: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

登録者が定義した集合体
7.33 kDa, 2 ポリマー
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4

G: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

H: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.35 kDa, 2 ポリマー
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5

I: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

J: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.35 kDa, 2 ポリマー
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6

K: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

L: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'

M: N(ALPHA)-(9-ACRIDINOYL)-TETRAARGININE-AMIDE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.25 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.471, 68.365, 77.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	5'-D(CPGPCPGPAPAPTPTPCPGPCPG)-3' 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質・ペプチド	N(ALPHA)-(9-ACRIDINOYL)-TETRAARGININE-AMIDE 分子量: 852.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.62 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.5 mM duplex, 1mM drug-peptide adduct, 20 mM NaCacodylate, 100 mM MgCl2, 45% MPD, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	duplex	1	1
2	drug-peptide adduct	1	1
3	Sodium Cacodylate	1	1
4	MgCl2	1	1
5	MPD	1	1
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	0.5 mM		1	drop
2	1 mM		1	drop
3	20 mM	sodium cacodylate	1	drop	pH7.
4	100 mM		1	drop		MgCl2
5	45 %		1	drop
6			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.907
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 12155 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.7→3.2 Å / 冗長度: 1.64 % / R_merge(I) obs: 0.223 / % possible all: 90.3
反射	PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 8086 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs*: 0.07
反射シェル	PLUS % possible obs: 88.6 % / R_merge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs*: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 17.915 / SU ML: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26607	921	10.2 %	RANDOM
R_work	0.22005	-	-	-
obs	0.22476	8086	89.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	48	2897	49	61	3055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	3335
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.409	2.991	5140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.978	3	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	31.341	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.129	0.15	934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.119	0.15	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.457	1.5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.136	2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.37	3	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.875	4.5	5108
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.492	62
R_work	0.343	575

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3617	0.9311	0.9927	2.7522	1.7886	1.5035	0.2205	-0.1113	0.0257	0.1671	-0.0612	-0.0389	0.04	-0.0614	-0.1593	0.2508	-0.0067	0.0167	0.32	0.0674	0.0408	45.413	14.708	38.253
2	19.8604	-1.4713	-0.5349	2.4627	-0.13	1.89	0.2905	0.0685	0.2144	0.1833	-0.168	0.0703	-0.3134	-0.2408	-0.1225	0.264	0.0055	0.0347	0.1997	0.0174	0.1261	15.908	66.189	39.385
3	0.3996	-4.0557	-1.0915	15.4041	1.349	1.0071	0.0172	-0.0288	0.2596	0.3143	0.2286	-0.6651	-0.1758	0.0355	-0.2459	0.2911	-0.0246	0.026	0.425	0.0181	0.1131	3.303	56.274	18.523
4	1.1657	-1.2972	0.8194	18.6215	2.7417	-0.1902	-0.1348	-0.1554	0.6167	0.0912	0.1704	-0.1426	-0.2871	0.1375	-0.0355	0.3997	0.019	-0.0013	0.1734	-0.0109	0.2177	16.228	49.08	58.185
5	25.7884	2.4852	-1.6433	0.7354	0.5164	0.5034	0.0145	0.5024	0.7214	0.0883	-0.0852	-0.2497	0.0319	0.1447	0.0707	0.3144	-0.0081	-0.0402	0.3712	0.0695	0.2641	15.888	43.577	38.19
6	0.6217	-1.4687	-0.2272	13.3987	-0.1881	0.7442	-0.2567	-0.3406	-0.18	0.0234	0.2873	-0.8559	0.1035	0.0758	-0.0306	0.3559	0.0274	0.0934	0.1927	-0.0156	0.1556	58.477	49.173	58.583

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	101 - 112	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	113 - 124	1 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	1	K	K	601	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	M	GA	820	2
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	V	836	3
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	V	848	5
7	X-RAY DIFFRACTION	1	F - G	Z - AA	867 - 868	3 - 4
8	X-RAY DIFFRACTION	1	J	DA	876	8
9	X-RAY DIFFRACTION	1	I - B	CA - V	879 - 881	6 - 9
10	X-RAY DIFFRACTION	1	B	V	885	13
11	X-RAY DIFFRACTION	1	K	EA	905	8
12	X-RAY DIFFRACTION	1	L	FA	909	17
14	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	201 - 212	1 - 12
15	X-RAY DIFFRACTION	2	D	D	213 - 224	1 - 12
16	X-RAY DIFFRACTION	2	L	FA	845	7
17	X-RAY DIFFRACTION	2	E	Y	863	7
18	X-RAY DIFFRACTION	2	A	U	903	11
20	X-RAY DIFFRACTION	3	E	E	301 - 312	1 - 12
21	X-RAY DIFFRACTION	3	F	F	313 - 324	1 - 12
22	X-RAY DIFFRACTION	3	A	U	829	3
23	X-RAY DIFFRACTION	3	H	BA	824	3
24	X-RAY DIFFRACTION	3	B	V	883	11
27	X-RAY DIFFRACTION	4	G	G	402 - 412	2 - 12
28	X-RAY DIFFRACTION	4	H	H	413 - 424	1 - 12
29	X-RAY DIFFRACTION	4	J	DA	808	1
30	X-RAY DIFFRACTION	4	E	Y	859	6
31	X-RAY DIFFRACTION	4	B - F	V - Z	865 - 866	7 - 2
32	X-RAY DIFFRACTION	4	A	U	901	10
33	X-RAY DIFFRACTION	5	I	I	501 - 512	1 - 12
34	X-RAY DIFFRACTION	5	J	J	513 - 524	1 - 12
35	X-RAY DIFFRACTION	5	C	W	815	1
36	X-RAY DIFFRACTION	5	L	FA	846	8
37	X-RAY DIFFRACTION	5	F - D	Z - X	855 - 856	1 - 5
39	X-RAY DIFFRACTION	6	K	K	602 - 612	2 - 12
40	X-RAY DIFFRACTION	6	L	L	613 - 624	1 - 12
41	X-RAY DIFFRACTION	6	M	M	700 - 704	1 - 5
42	X-RAY DIFFRACTION	6	A	U	832	5
43	X-RAY DIFFRACTION	6	J	DA	838	3
44	X-RAY DIFFRACTION	6	B	V	851	6
45	X-RAY DIFFRACTION	6	J	DA	840	5
46	X-RAY DIFFRACTION	6	E	Y	852	5
47	X-RAY DIFFRACTION	6	J	DA	875	7
48	X-RAY DIFFRACTION	6	K	EA	907	9

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor obs: 0.22476 / R_factor R_free: 0.2661 / R_factor R_work: 0.22

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2409

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.492 / R_factor R_work: 0.343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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