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- PDB-1g2i: CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL INTRACELLULAR PROTEASE FROM PYROCOCC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g2i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL INTRACELLULAR PROTEASE FROM PYROCOCCUS HORIKOSHII AT 2 A RESOLUTION
要素PROTEASE I
キーワードHYDROLASE / intracellular protease / ATP-independent intracellular protease / protease / catalytical triad / PfpI / cysteine protease / nucleophile elbow / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deglycase / protein deglycase activity / peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Deglycase PfpI / PfpI endopeptidase domain profile. / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Du, X. / Choi, I.-G. / Kim, R. / Jancarik, J. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of an intracellular protease from Pyrococcus horikoshii at 2-A resolution.
著者: Du, X. / Choi, I.G. / Kim, R. / Wang, W. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, S.-H.
履歴
登録2000年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASE I
B: PROTEASE I
C: PROTEASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6104
ポリマ－56,5143
非ポリマー961
水4,990277
1
A: PROTEASE I
B: PROTEASE I
C: PROTEASE I
ヘテロ分子

A: PROTEASE I
B: PROTEASE I
C: PROTEASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2208
ポリマ－113,0286
非ポリマー1922
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.700, 124.700, 129.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The other three monomers of the hexameric complex may be generated by:y,x,-z-1

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要素

#1: タンパク質 PROTEASE I


分子量: 18837.998 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH1704 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)/SJS1244
参照: UniProt: O59413, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Tris-HCl, EDTA, trisodium citrate dihydrate, potassium tartarate tetrahydrate, ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
31 mMEDTA1drop
40.1 Mtriosodium citrate dihydrate1reservoir
52.0 Mammonium sulfate1reservoir
60.2 Mpotassium tartrate tetrahydrate1reservoir
72.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 195 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97938,0.9796,0.9686
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月27日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979381
20.97961
30.96861
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 131170 / Num. obs: 129727 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS0.5精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3763370.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 3333 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.1848 68999 --
obs0.184 65700 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.4 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å20 Å20 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3---3.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3942 0 5 277 4224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 496 5 %
Rwork0.202 9458 -
obs--88 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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