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- PDB-1fzt: SOLUTION STRUCTURE AND DYNAMICS OF AN OPEN B-SHEET, GLYCOLYTIC EN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fzt
タイトルSOLUTION STRUCTURE AND DYNAMICS OF AN OPEN B-SHEET, GLYCOLYTIC ENZYME-MONOMERIC 23.7 KDA PHOSPHOGLYCERATE MUTASE FROM SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE
要素PHOSPHOGLYCERATE MUTASE
キーワードISOMERASE / open B-sheet-helices
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycolysis / Gluconeogenesis / Neutrophil degranulation / phosphoglycerate mutase activity / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / canonical glycolysis / gluconeogenesis / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoglycerate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Uhrinova, S. / Uhrin, D. / Nairn, J. / Price, N.C. / Fothergill-Gilmore, L.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structure and dynamics of an open beta-sheet, glycolytic enzyme, monomeric 23.7 kDa phosphoglycerate mutase from Schizosaccharomyces pombe.
著者: Uhrinova, S. / Uhrin, D. / Nairn, J. / Price, N.C. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Barlow, P.N.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997
タイトル: Backbone Assignment of Double Labelled 23.7 kDa Phosphoglycerate Mutase from Scizosaccharomyces pombe
著者: Uhrinova, S. / Uhrin, D. / Nairn, J. / Price, N.C. / Fothergill-Gilmore, L.A. / BARLOW, P.N.
#2: ジャーナル: J.MAGN.RESON. / 年: 2000
タイトル: 3D HCCH3-TOCSY for Resonance Assignment of Methyl-containing Side Chains in (13)C-labeled Proteins
著者: Uhrin, D. / Uhrinova, S. / Leadbeater, C. / Nairn, J. / Price, N.C. / BARLOW, P.N.
履歴
登録2000年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOGLYCERATE MUTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8001
ポリマ－23,8001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 55structures with the lowest energy
代表モデルモデル #21lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOGLYCERATE MUTASE


分子量: 23800.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
プラスミド: PMA91 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36623, EC: 5.4.2.1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HNHA

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試料調製

詳細内容: 1mM phosphoglycerate mutase; 200mM sodium acetate, 200mM ammonium sulphate; 90% H2O, 10% D2O.
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian AMXVarianAMX6001
Bruker DMXBrukerDMX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
FelixFelix95Biosym Technologies解析
XEASYXEASY(1995)Bartels et al.データ解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
model-freeextended model, 1995Mandel et al.データ解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: structures are based om 3125 noe restraints, 74 hydrogen bonds, and 149 torsion angles
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 55 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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