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万見
- PDB-1fxy: COAGULATION FACTOR XA-TRYPSIN CHIMERA INHIBITED WITH D-PHE-PRO-AR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fxy
タイトルCOAGULATION FACTOR XA-TRYPSIN CHIMERA INHIBITED WITH D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETHYLKETONE
要素COAGULATION FACTOR XA-TRYPSIN CHIMERA
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / CHIMERA / PROTEASE / CHLOROMETHYLKETONE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / Activation of Matrix Metalloproteinases / trypsin / extracellular matrix disassembly / digestion / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space ...Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / Activation of Matrix Metalloproteinases / trypsin / extracellular matrix disassembly / digestion / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-Phe-Pro-Arg-CH2Cl / Chem-0G6 / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hopfner, K.P. / Kopetzki, E. / Kresse, G.-B. / Huber, R. / Bode, W. / Engh, R.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: New enzyme lineages by subdomain shuffling.
著者: Hopfner, K.P. / Kopetzki, E. / Kresse, G.B. / Bode, W. / Huber, R. / Engh, R.A.
履歴
登録1998年4月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32013年2月27日Group: Other

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAGULATION FACTOR XA-TRYPSIN CHIMERA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1232
ポリマ－24,6691
非ポリマー4541
水1,47782
1
A: COAGULATION FACTOR XA-TRYPSIN CHIMERA
ヘテロ分子

A: COAGULATION FACTOR XA-TRYPSIN CHIMERA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2464
ポリマ－49,3382
非ポリマー9082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)65.510, 48.920, 75.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 COAGULATION FACTOR XA-TRYPSIN CHIMERA


分子量: 24668.814 Da / 分子数: 1 / 変異: Q20Y, E21N, C27V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UT5600 / 参照: UniProt: P07477
#2: 化合物 ChemComp-0G6 / D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide / PPACK


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 453.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34ClN6O3 / 参照: D-Phe-Pro-Arg-CH2Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH PROTEIN ...THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH PROTEIN IT FORMS TWO COVALENT BONDS: 1) A COVALENT BOND TO SER 195 FORMING A HEMIKETAL AR7 AND 2) A COVALENT BOND TO NE2 OF HIS 57
配列の詳細RESIDUES ARE NUMBERED ACCORDING TO THE CHYMOTRYPSIN NUMBERING SYSTEM. THE MOLECULE IS A CHIMERIC ...RESIDUES ARE NUMBERED ACCORDING TO THE CHYMOTRYPSIN NUMBERING SYSTEM. THE MOLECULE IS A CHIMERIC CONSTRUCT COMPOSED OF RESIDUES 16 - 121 FROM HUMAN COAGULATION FACTOR XA AND RESIDUES 122 - 246 FROM HUMAN TRYPSIN I. THE N-TERMINAL 15 RESIDUES WERE CLEAVED OFF PROTEOLYTICALLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化pH: 7.8
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 6K, 100 MM HEPES, PH 7.8.
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlenzyme1drop
2100 mMHEPES1reservoir
315 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.15 Å
反射
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. obs: 10714 / % possible obs: 89.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Num. measured all: 28062
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 2.25 Å / % possible obs: 91.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
AGROVATAデータ削減
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATA)データスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化解像度: 2.15→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 -10 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 10714 90.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1730 0 30 82 1842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.237
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.185 / Rfactor Rfree: 0.241
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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