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万見
- PDB-1fvp: FLAVOPROTEIN 390 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fvp
タイトルFLAVOPROTEIN 390
要素FLAVOPROTEIN 390
キーワードFLAVIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alkanal monooxygenase (FMN-linked) activity
類似検索 - 分子機能
Bacterial luciferase, conserved site / Bacterial luciferase subunits signature. / Bacterial luciferase/NFP / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-(3-TETRADECANOIC ACID) FLAVINE MONONUCLEOTIDE / Non-fluorescent flavoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Photobacterium phosphoreum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kita, A. / Miki, K.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structure of flavoprotein FP390 from a luminescent bacterium Photobacterium phosphoreum refined at 2.7 A resolution.
著者: Kita, A. / Kasai, S. / Miyata, M. / Miki, K.
#1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure Determination of a Flavoprotein Fp390 from a Luminescent Bacterium, Photobacterium Phosphoreum
著者: Kita, A. / Kasai, S. / Miki, K.
履歴
登録1995年7月7日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVOPROTEIN 390
B: FLAVOPROTEIN 390
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0196
ポリマ－53,2882
非ポリマー2,7314
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.800, 76.800, 242.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 FLAVOPROTEIN 390 / FP390


分子量: 26644.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium phosphoreum (バクテリア)
株: IFO 13896 / 参照: UniProt: P12745
#2: 化合物
ChemComp-FMA / 6-(3-TETRADECANOIC ACID) FLAVINE MONONUCLEOTIDE / 6-[(1R)-1-ウンデシル-2-カルボキシエチル]リボフラビン5′-りん酸


分子量: 682.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H47N4O11P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Kita, A., (1991) J.Biochem., 110, 748.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1200-250 mg/mlprotein1drop
21.6-2.2 Mpotassium phosphate1drop
31.8-2.5 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→6 Å / Num. obs: 17448 / % possible obs: 93.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.7→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.24 -
obs0.24 17433
原子変位パラメータBiso mean: 35.41 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3748 0 188 61 3997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.7851.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.4252
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it0.7992
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.4012.5
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.417 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.0350.033
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.050.038
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.020.008
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.150.146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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