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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ftf | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE (NATIVE 2) | ||||||
要素 | ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Bacterial fatty acid biosynthesis / Acyl carrier synthase / Coenzyme A / structure-based drug design | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Chirgadze, N. / Briggs, S. / McAllister, K. / Fischl, A. / Zhao, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae acyl carrier protein synthase: an essential enzyme in bacterial fatty acid biosynthesis. 著者: Chirgadze, N.Y. / Briggs, S.L. / McAllister, K.A. / Fischl, A.S. / Zhao, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ftf.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ftf.ent.gz | 60.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ftf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/1ftf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/1ftf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13678.506 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A2W6, holo-[acyl-carrier-protein] synthase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 294 K / pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 20366 / Num. obs: 20366 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / % possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 89 |
反射 | *PLUS Num. all: 126451 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 423425 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FTE 解像度: 2.05→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / Total num. of bins used: 18
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNX / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor obs: 0.208 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.377 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.317 |