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- PDB-1ft4: PHOTOCHEMICALLY-ENHANCED BINDING OF SMALL MOLECULES TO THE TUMOR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ft4
タイトルPHOTOCHEMICALLY-ENHANCED BINDING OF SMALL MOLECULES TO THE TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR-1
要素SOLUBLE TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / BINDING PROTEIN / CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amide metabolic process / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of membrane lipid metabolic process / TNFs bind their physiological receptors ...positive regulation of amide metabolic process / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of membrane lipid metabolic process / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / tumor necrosis factor binding / TNF signaling / regulation of establishment of endothelial barrier / TNFR1-mediated ceramide production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / prostaglandin metabolic process / positive regulation of execution phase of apoptosis / Interleukin-10 signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / protein localization to plasma membrane / Regulation of TNFR1 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription by RNA polymerase II / receptor complex / defense response to bacterium / inflammatory response / membrane raft / Golgi membrane / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 1A / Tumor necrosis factor receptor 1A, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 1A, death domain / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...Tumour necrosis factor receptor 1A / Tumor necrosis factor receptor 1A, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 1A, death domain / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-703 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Muckelbauer, J.K. / Chang, C.-H.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Photochemically enhanced binding of small molecules to the tumor necrosis factor receptor-1 inhibits the binding of TNF-alpha.
著者: Carter, P.H. / Scherle, P.A. / Muckelbauer, J.K. / Voss, M.E. / Liu, R.Q. / Thompson, L.A. / Tebben, A.J. / Solomon, K.A. / Lo, Y.C. / Li, Z. / Strzemienski, P. / Yang, G. / Falahatpisheh, N. ...著者: Carter, P.H. / Scherle, P.A. / Muckelbauer, J.K. / Voss, M.E. / Liu, R.Q. / Thompson, L.A. / Tebben, A.J. / Solomon, K.A. / Lo, Y.C. / Li, Z. / Strzemienski, P. / Yang, G. / Falahatpisheh, N. / Xu, M. / Wu, Z. / Farrow, N.A. / Ramnarayan, K. / Wang, J. / Rideout, D. / Yalamoori, V. / Domaille, P. / Underwood, D.J. / Trzaskos, J.M. / Friedman, S.M. / Newton, R.C. / Decicco, C.P. / Muckelbauer, J.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Crystallographic Evidence for Dimerization of Unliganded Tumor Necrosis Factor Receptor
著者: Naismith, J.H. / Devine, T.Q. / Brandhuber, B.J. / Sprang, S.R.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of the Soluble Human 55 Kd Tnf Receptor-Human Tnfb Complex: Implication for Tnf Receptor Activation
著者: Banner, D.W. / D'Arcy, A. / Janes, W. / Gentz, W. / Schoenfeld, H.-J. / Broger, C. / Loetscher, H. / Lesslauer, W.
履歴
登録2000年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUBLE TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR 1
B: SOLUBLE TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1283
ポリマ－36,6722
非ポリマー4571
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.800, 67.800, 190.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 SOLUBLE TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR 1 / TUMOR NECROSIS FACTOR / BINDING PROTEIN 1 / TBPI / P60 / TNF-R1 / TNF-RI / P55


分子量: 18335.830 Da / 分子数: 2
断片: 55 KD EXTRACELLULAR DOMAIN (MET PLUS RESIDUES 12-272)
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N OF ALA 62, CHAIN A IS BOUND TO LIGAND 705 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19438
#2: 化合物 ChemComp-703 / 5-(3-MORPHOLIN-4-YL-PROPYL)-2-(3-NITRO-PHENYL)-4-THIOXO-4,5-DIHYDRO-1-THIA-3B,5-DIAZA-CYCLOPENTA[A]PENTALEN-6-ONE / 6-[3-(4-MORPHOLINYL)PROPYL]-2-(3-NITROPHENYL)-5-THIOXO-5,6,-DIHYDRO-7H-THIENOL[2',3':4,5]PYRROLO[1,2-C] IMIDAZOL-7-ONE


分子量: 456.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N4O4S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MPD, Ammonium Acetate Tris Buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 297K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 詳細: Rodseth, L.E., (1994) J.Mol.Biol., 239, 332.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.6 mg/mlprotein1drop
225 %(v/v)MPD1drop
350 mMTris-HCl1drop
40.1 %(w/v)beta-octylglucoside1drop
5100 mM1dropNaCl
6250 mMammonium acetate1drop
754 %MPD1reservoir
8100 mMTris-HCl1reservoir
9500 mMammonium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→35 Å / Num. obs: 9191 / % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 2.9→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.274 -
all0.275 8247
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2733 0 31 0 2764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.274
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 3.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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