ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | X-PLOR | | モデル構築 | X-PLOR | 3.851 | 精密化 | X-PLOR | | 位相決定 |
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精密化 | 解像度: 1.4→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 108825.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.255 | 2911 | 10 % | RANDOM |
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Rwork | 0.217 | - | - | - |
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obs | 0.217 | 29108 | 98.3 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.44 Å2 | 0.65 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.44 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.88 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.2 Å | 0.18 Å |
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Luzzati d res low | - | 6 Å |
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Luzzati sigma a | 0.08 Å | 0.13 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→6 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 951 | 0 | 0 | 115 | 1066 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d26.9 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.2 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.9 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.84 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.242 | 270 | 9.5 % |
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Rwork | 0.204 | 2568 | - |
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obs | - | - | 96.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | |
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