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- PDB-1fqy: STRUCTURE OF AQUAPORIN-1 AT 3.8 A RESOLUTION BY ELECTRON CRYSTALL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fqy
タイトルSTRUCTURE OF AQUAPORIN-1 AT 3.8 A RESOLUTION BY ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
要素AQUAPORIN-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / WATER CHANNEL / TWO-DIMENSIONAL CRYSTAL
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric descending thin limb development / metanephric proximal straight tubule development / metanephric proximal convoluted tubule segment 2 development / metanephric glomerulus vasculature development / hydrogen peroxide channel activity / nitric oxide transmembrane transporter activity / cerebrospinal fluid secretion / lipid digestion / cellular response to salt stress / renal water transport ...metanephric descending thin limb development / metanephric proximal straight tubule development / metanephric proximal convoluted tubule segment 2 development / metanephric glomerulus vasculature development / hydrogen peroxide channel activity / nitric oxide transmembrane transporter activity / cerebrospinal fluid secretion / lipid digestion / cellular response to salt stress / renal water transport / corticotropin secretion / secretory granule organization / carbon dioxide transmembrane transport / carbon dioxide transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transporter activity / water transmembrane transporter activity / renal water absorption / Passive transport by Aquaporins / positive regulation of saliva secretion / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / pancreatic juice secretion / lateral ventricle development / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / intracellular water homeostasis / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / potassium ion transmembrane transporter activity / transepithelial water transport / water transport / water channel activity / ammonium transmembrane transport / ankyrin-1 complex / ammonium channel activity / glomerular filtration / camera-type eye morphogenesis / fibroblast migration / multicellular organismal-level water homeostasis / cellular homeostasis / cellular hyperosmotic response / hyperosmotic response / cell volume homeostasis / positive regulation of fibroblast migration / odontogenesis / cGMP-mediated signaling / nitric oxide transport / brush border / transmembrane transporter activity / potassium channel activity / renal water homeostasis / cellular response to retinoic acid / cellular response to copper ion / cellular response to cAMP / ephrin receptor binding / sensory perception of pain / cellular response to nitric oxide / cellular response to dexamethasone stimulus / basal plasma membrane / establishment of localization in cell / carbon dioxide transport / wound healing / brush border membrane / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / potassium ion transport / sarcolemma / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of angiogenesis / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / cellular response to UV / apical part of cell / defense response to Gram-negative bacterium / basolateral plasma membrane / cellular response to hypoxia / nuclear membrane / apical plasma membrane / axon / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aquaporin 1 / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Murata, K. / Mitsuoka, K. / Hirai, T. / Walz, T. / Agre, P. / Heymann, J.B. / Engel, A. / Fujiyoshi, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Structural determinants of water permeation through aquaporin-1.
著者: K Murata / K Mitsuoka / T Hirai / T Walz / P Agre / J B Heymann / A Engel / Y Fujiyoshi /
要旨: Human red cell AQP1 is the first functionally defined member of the aquaporin family of membrane water channels. Here we describe an atomic model of AQP1 at 3.8A resolution from electron ...Human red cell AQP1 is the first functionally defined member of the aquaporin family of membrane water channels. Here we describe an atomic model of AQP1 at 3.8A resolution from electron crystallographic data. Multiple highly conserved amino-acid residues stabilize the novel fold of AQP1. The aqueous pathway is lined with conserved hydrophobic residues that permit rapid water transport, whereas the water selectivity is due to a constriction of the pore diameter to about 3 A over a span of one residue. The atomic model provides a possible molecular explanation to a longstanding puzzle in physiology-how membranes can be freely permeable to water but impermeable to protons.
履歴
登録2000年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月17日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AQUAPORIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5501
ポリマ－28,5501
非ポリマー00
水00
1
A: AQUAPORIN-1

A: AQUAPORIN-1

A: AQUAPORIN-1

A: AQUAPORIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2004
ポリマ－114,2004
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area12140 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area38710 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.000, 96.000, 100.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from chain A

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要素

#1: タンパク質 AQUAPORIN-1 / AQP1


分子量: 28549.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTE / 参照: UniProt: P29972

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 135
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: aquaporin / タイプ: COMPLEX
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: MOLYBDENUM
EM embedding詳細: 3% / Material: trehalose
結晶化温度: 298 K / 手法: dialysis with continuous flow dialysis machine / pH: 6
詳細: Escherichia coli lipids, magnesium chloride, sodium chloride, MES, pH 6.0, Dialysis with continuous flow dialysis machine, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: Eletron Diffraction

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL 3000SFF / 詳細: diffraction patterns and images collected
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
試料ホルダ凍結剤: HELIUM
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM / 詳細: digitized using LeafScan45 scanner (Scitex)
画像スキャンScanner model: OTHER
回折平均測定温度: 4 K
放射光源由来: ELECTRON MICROSCOPE / タイプ: JEOL 3000 SFF / 波長: 0.0197
検出器タイプ: GATAN Model 795 MegaScan / 検出器: CCD / 日付: 1996年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron
放射波長波長: 0.0197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→96 Å / Num. all: 85254 / Num. obs: 85254 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 8.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.495 / Net I/σ(I): 1.1
反射 シェル解像度: 3.8→3.9 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.703 / Num. unique all: 4010 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
LATLINEモデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
LATLINE位相決定
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
精密化解像度: 3.8→6 Å / σ(F): 1 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: For refinement with phase restraint, we used the structure factors merged from both electron diffraction patterns and images. Thus in this file we included the structure factors with phases ...詳細: For refinement with phase restraint, we used the structure factors merged from both electron diffraction patterns and images. Thus in this file we included the structure factors with phases used in the refinement. The observed phases were labelled as calculated phases here.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.417 124 0.036 %RANDOM
Rwork0.399 ---
all0.406 1846 --
obs0.406 1846 50.8 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.85 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1661 0 0 0 1661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYx_bond_d0.017
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYx_angle_deg2.794
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.93 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor%反射
Rfree0.31 1.58 %
Rwork0.424 -
obs-36.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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