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- PDB-1fqv: Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fqv
タイトルInsights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex
要素
  • SKP1
  • SKP2
キーワードLIGASE / Skp1 / Skp2 / F-box / LRR / leucine-rich repeat / SCF / ubiquitin / E3 / ubiquitin protein ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein polyubiquitination / F-box domain binding / cellular response to cell-matrix adhesion / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / PcG protein complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / SCF ubiquitin ligase complex ...positive regulation of protein polyubiquitination / F-box domain binding / cellular response to cell-matrix adhesion / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / PcG protein complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Prolactin receptor signaling / cullin family protein binding / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / molecular function activator activity / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Iron uptake and transport / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / beta-catenin binding / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G1/S transition of mitotic cell cycle / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / Regulation of RUNX2 expression and activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / : / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Neddylation / regulation of apoptotic process / defense response to virus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / chromatin remodeling / protein domain specific binding / innate immune response / centrosome / nucleolus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain ...Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Alpha-Beta Horseshoe / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-phase kinase-associated protein 1 / S-phase kinase-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schulman, B.A. / Carrano, A.C. / Jeffrey, P.D. / Bowen, Z. / Kinnucan, E.R. / Finnin, M.S. / Elledge, S.J. / Harper, J.W. / Pagano, M. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Insights into SCF ubiquitin ligases from the structure of the Skp1-Skp2 complex.
著者: Schulman, B.A. / Carrano, A.C. / Jeffrey, P.D. / Bowen, Z. / Kinnucan, E.R. / Finnin, M.S. / Elledge, S.J. / Harper, J.W. / Pagano, M. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2000年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SKP2
B: SKP1
C: SKP2
D: SKP1
E: SKP2
F: SKP1
G: SKP2
H: SKP1
I: SKP2
J: SKP1
K: SKP2
L: SKP1
M: SKP2
N: SKP1
O: SKP2
P: SKP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,21516
ポリマ－438,21516
非ポリマー00
水00
1
A: SKP2
B: SKP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7772
ポリマ－54,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
2
C: SKP2
D: SKP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7772
ポリマ－54,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
3
E: SKP2
F: SKP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7772
ポリマ－54,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
4
G: SKP2
H: SKP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7772
ポリマ－54,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
5
I: SKP2
J: SKP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7772
ポリマ－54,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
6
K: SKP2
L: SKP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7772
ポリマ－54,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
7
M: SKP2
N: SKP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7772
ポリマ－54,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
8
O: SKP2
P: SKP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7772
ポリマ－54,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)262.700, 148.200, 133.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
SKP2 / CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P45


分子量: 37923.691 Da / 分子数: 8 / 断片: 101-436 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13309
#2: タンパク質
SKP1 / CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19


分子量: 16853.164 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 詳細: microseeding and macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115-16 %PEG40001reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoir
30.2 Mammonium acetate1reservoir
410 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.909
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.909 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→8 Å / Num. obs: 90445
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 108372 / % possible obs: 93.7 % / Num. measured all: 598299 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.8 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 5.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数
Rfree0.314 3618
Rwork0.275 -
all-103914
obs-90445
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29256 0 0 0 29256
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.56
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.429 / Rfactor Rwork: 0.353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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