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- PDB-1foe: CRYSTAL STRUCTURE OF RAC1 IN COMPLEX WITH THE GUANINE NUCLEOTIDE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1foe
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAC1 IN COMPLEX WITH THE GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE REGION OF TIAM1
要素
  • RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
  • T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
キーワードsignaling protein / immune system/signaling protein / DBL HOMOLOGY DOMAIN / PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN / GTPASE / GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR / immune system-signaling protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of dopaminergic neuron differentiation / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / EPHB-mediated forward signaling / NRAGE signals death through JNK / RAC1 GTPase cycle ...brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of dopaminergic neuron differentiation / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / EPHB-mediated forward signaling / NRAGE signals death through JNK / RAC1 GTPase cycle / embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / positive regulation of ovarian follicle development / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / auditory receptor cell morphogenesis / cerebral cortex radially oriented cell migration / G alpha (12/13) signalling events / erythrocyte enucleation / regulation of neutrophil migration / negative regulation of interleukin-23 production / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / RHOA GTPase cycle / interneuron migration / kinocilium / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / engulfment of apoptotic cell / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / NADPH oxidase complex / Inactivation of CDC42 and RAC1 / cochlea morphogenesis / regulation of neuron maturation / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / cortical cytoskeleton organization / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / cell-cell contact zone / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / GTP-dependent protein binding / activation of GTPase activity / midbrain dopaminergic neuron differentiation / ruffle organization / epithelial cell morphogenesis / cell projection assembly / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of lamellipodium assembly / thioesterase binding / regulation of stress fiber assembly / regulation of neuron migration / negative regulation of fibroblast migration / RHO GTPases activate CIT / cell-cell junction organization / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / Nef and signal transduction / motor neuron axon guidance / positive regulation of axonogenesis / PCP/CE pathway / RHO GTPases activate KTN1 / Activation of RAC1 / MET activates RAP1 and RAC1 / positive regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of nitric oxide biosynthetic process / DCC mediated attractive signaling / Azathioprine ADME / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / hyperosmotic response / positive regulation of cell-substrate adhesion / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of ruffle assembly / superoxide anion generation / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / lamellipodium assembly / regulation of GTPase activity / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / dendrite morphogenesis / regulation of cell size / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of dendritic spine development / synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of actin filament polymerization / Rac protein signal transduction / pericentriolar material / RHO GTPases activate PAKs / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / regulation of postsynapse assembly / Sema3A PAK dependent Axon repulsion
類似検索 - 分子機能
TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / : / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Tiam1 second PH domain-like / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding domain ...TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / : / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Tiam1 second PH domain-like / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / PDZ superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Rho guanine nucleotide exchange factor TIAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Worthylake, D.K. / Rossman, K.L. / Sondek, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of Rac1 in complex with the guanine nucleotide exchange region of Tiam1.
著者: Worthylake, D.K. / Rossman, K.L. / Sondek, J.
履歴
登録2000年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
B: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
C: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
D: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
E: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
F: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
G: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
H: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,53712
ポリマ－254,1538
非ポリマー3844
水1,67593
1
A: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
B: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6343
ポリマ－63,5382
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27510 Å2
手法PISA
2
C: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
D: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6343
ポリマ－63,5382
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA
3
E: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
F: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6343
ポリマ－63,5382
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA
4
G: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
H: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6343
ポリマ－63,5382
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area27030 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21680 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area99880 Å2
手法PISA
6
A: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
B: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
G: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
H: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2696
ポリマ－127,0774
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area52470 Å2
手法PISA
7
C: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
D: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
E: T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1
F: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2696
ポリマ－127,0774
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8260 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area52340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.95, 149.27, 149.21
Angle α, β, γ (deg.)90, 121, 90
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a heterodimer composed of a Tiam1 Dbl/pleckstrin element (chains A,C,E,G) in complex with a Rac1 molecule (Chains B,D,F,H). There are 4 heterodimers in the crystal asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS INDUCING PROTEIN 1 / TIAM1 PROTEIN / T-CELL LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS 1


分子量: 43827.539 Da / 分子数: 4
断片: RESIDUES 1033 TO 1406 FROM MURINE T-LYMPHOMA INVASION AND METASTASIS FACTOR 1, PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
変異: ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALA-MET-GLY CLONING ARTIFACT ADDED TO N-TERMINUS / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PPROEXHTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60610
#2: タンパク質
RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE / P21-RAC1 / RAS-LIKE PROTEIN TC25 / RAC1 P21(SMALL) GTP-BINDING PROTEIN


分子量: 19710.764 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1 TO 177 FROM HUMAN RAC1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: PEG 3350, Li2SO4, MES, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMMES1reservoir
218 %PEG33501reservoir
3400 mM1reservoirLi2SO4
45 %glycerol1reservoir
520 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9729,0.9787,0.9724
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97291
20.97871
30.97241
反射解像度: 2.8→15 Å / Num. all: 80441 / Num. obs: 80441 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 63.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Num. unique all: 5874 / % possible all: 68.9
反射
*PLUS
% possible obs: 94.2 % / Num. measured all: 382085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: Used maximum likelihood target function in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 4051 5 %RANDOM
Rwork0.262 ---
all-85778 --
obs-80511 93.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17461 0 20 93 17574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.262
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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