ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 |
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精密化 | 解像度: 2.38→28.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 164072.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.242 | 1357 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.194 | - | - | - |
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all | 0.194 | 27901 | - | - |
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obs | 0.194 | 27901 | 93 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.38 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 7.27 Å2 | 1.51 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 7.27 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -14.54 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.34 Å | 0.27 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.35 Å | 0.32 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→28.61 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3685 | 0 | 27 | 399 | 4111 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.81 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.22 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.02 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.93 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.89 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.38→2.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.299 | 224 | 5.3 % |
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Rwork | 0.274 | 3979 | - |
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obs | - | - | 85.3 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 3 | CARBOHYDRATE.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 5 | DMNJ.PARAM | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 40 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg21.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.81 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.22 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.93 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.02 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.89 | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.299 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.274 |
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