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- PDB-1fmh: NMR SOLUTION STRUCTURE OF A DESIGNED HETERODIMERIC LEUCINE ZIPPER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fmh
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF A DESIGNED HETERODIMERIC LEUCINE ZIPPER
要素(GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / COILED COIL / LEUCINE ZIPPER / INTER-HELICAL ION PAIRING
機能・相同性
機能・相同性情報


FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process ...FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General control transcription factor GCN4
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / 1. DISTANCE GEOMETRY, REGULARIZATION, 2. SIMULATED ANNEALING, 3. MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION INCLUDING 8 ANGSTROMS WATER SHELL
データ登録者Marti, D.N. / Jelesarov, I. / Bosshard, H.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Interhelical ion pairing in coiled coils: solution structure of a heterodimeric leucine zipper and determination of pKa values of Glu side chains.
著者: Marti, D.N. / Jelesarov, I. / Bosshard, H.R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Thermodynamic Characterization of the Coupled Folding and Association of Heterodimeric Coiled Coils (Leucine Zippers)
著者: Jelesarov, I. / Bosshard, H.R.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Extremely Fast Folding of a Very Stable Leucine Zipper with a Strengthened Hydrophobic Core and Lacking Electrostatic Interactions between Helices
著者: Durr, E. / Jelesarov, I. / Bosshard, H.R.
履歴
登録2000年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4
B: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1112
ポリマ－7,1112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #14closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4


分子量: 3541.782 Da / 分子数: 1 / 断片: LEUCINE ZIPPER ACIDIC CHAIN
変異: R249E M250V K251A D255K K256E E258A E259Q L260A L261E S262A K263E H266Q N269Q R273Q K275E K276H L277E V278C
由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHETIC PEPTIDE BASED ON THE SEQUENCE OF THE LEUCINE ZIPPER DOMAIN IN GCN4 (BAKER'S YEAST)
参照: UniProt: P03069
#2: タンパク質・ペプチド GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4


分子量: 3569.301 Da / 分子数: 1 / 断片: LEUCINE ZIPPER BASIC CHAIN
変異: R249E M250V K251Q Q252A E254K D255K K256R E258Q E259A L261K S262A K263R H266A L267A E268K N269Q E270K A272Q R273A K275R K276H L277K V278C
由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHETIC PEPTIDE BASED ON THE SEQUENCE OF THE LEUCINE ZIPPER DOMAIN IN GCN4 (BAKER'S YEAST)
参照: UniProt: P03069
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D TOCSY
1312D NOESY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES

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試料調製

詳細内容: 2.1 mM AB zipper; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 10 mM / pH: 5.65 / 圧: ambient / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6BRUKERcollection
Felix98Molecular Simulations, Inc.解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: 1. DISTANCE GEOMETRY, REGULARIZATION, 2. SIMULATED ANNEALING, 3. MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION INCLUDING 8 ANGSTROMS WATER SHELL
ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED ON THE BASIS OF 1494 NOE DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS AND 52 PHI ANGLE RESTRAINTS
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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