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万見
- PDB-3bhp: Crystal structure of UPF0291 protein ynzC from Bacillus subtilis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bhp
タイトルCrystal structure of UPF0291 protein ynzC from Bacillus subtilis at resolution 2.0 A. Northeast Structural Genomics Consortium target SR384
要素UPF0291 protein ynzC
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NESG / SR384 / O31818 / UPF0291 protein ynzC / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Cytoplasm
機能・相同性Protein of unknown function DUF896 / Bacterial protein of unknown function (DUF896) / Helix hairpin bin / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / cytoplasm / UPF0291 protein YnzC
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Maglaqui, M. / Owens, L.A. / Zhao, L. / Xiao, R. / Baran, M.C. ...Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Maglaqui, M. / Owens, L.A. / Zhao, L. / Xiao, R. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the UPF0291 protein ynzC from Bacillus subtilis at the resolution 2.0 A.
著者: Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Maglaqui, M. / Owens, L.A. / Zhao, L. / Xiao, R. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2007年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0291 protein ynzC
B: UPF0291 protein ynzC
C: UPF0291 protein ynzC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0833
ポリマ－21,0833
非ポリマー00
水3,531196
1
A: UPF0291 protein ynzC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0281
ポリマ－7,0281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UPF0291 protein ynzC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0281
ポリマ－7,0281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: UPF0291 protein ynzC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0281
ポリマ－7,0281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.279, 38.460, 86.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-117-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UPF0291 protein ynzC


分子量: 7027.784 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 1-52 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ynzC, BSU17880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31818
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1M KH2PO4, 0.1M Na Citrate, 40% PEG 1000, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 26190 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.5 % / Biso Wilson estimate: 7.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.123 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→19.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 660559.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The Friedel pairs were used in phasing. BULK SOLVENT MODEL USED IN REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 2246 9.3 %RANDOM
Rwork0.2289 ---
obs0.2289 26053 90.7 %-
all-26190 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.6638 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.991 Å20 Å22.001 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3---5.291 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a--0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→19.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1211 0 0 196 1407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004672
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.82237
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.63
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.5552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.9152.5
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 312 9.8 %
Rwork0.175 2864 -
obs--70.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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