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- PDB-1flg: CRYSTAL STRUCTURE OF THE QUINOPROTEIN ETHANOL DEHYDROGENASE FROM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1flg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE QUINOPROTEIN ETHANOL DEHYDROGENASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA
要素PROTEIN (QUINOPROTEIN ETHANOL DEHYDROGENASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / QUINOPROTEIN / SUPERBARREL / DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (cytochrome c) activity => GO:0052934 / alcohol dehydrogenase (cytochrome c) activity => GO:0052934 / alcohol dehydrogenase (cytochrome c) / ethanol catabolic process / : / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
PQQ-dependent type I alcohol dehydrogenase / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / PQQ enzyme repeat / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / 8 Propeller ...PQQ-dependent type I alcohol dehydrogenase / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / PQQ enzyme repeat / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Quinoprotein ethanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Keitel, T. / Diehl, A. / Knaute, T. / Stezowski, J.J. / Hohne, W. / Gorisch, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: X-ray structure of the quinoprotein ethanol dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa: basis of substrate specificity.
著者: Keitel, T. / Diehl, A. / Knaute, T. / Stezowski, J.J. / Hohne, W. / Gorisch, H.
履歴
登録2000年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2000年8月30日ID: 1EEE
改定 1.02000年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (QUINOPROTEIN ETHANOL DEHYDROGENASE)
B: PROTEIN (QUINOPROTEIN ETHANOL DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0678
ポリマ－128,2472
非ポリマー8216
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area38710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.400, 159.400, 130.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (QUINOPROTEIN ETHANOL DEHYDROGENASE)


分子量: 64123.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9Z4J7
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG1500, 50 MM CALCIUM CHLORIDE, 4.5 MM GLYCINE/NAOH PH 8, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 詳細: Stezowski, J.J., (1989) J. Mol. Biol., 205, 617.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
22 mg/mlprotein1drop
34.5 mMglycine-NaOH1drop
41.5 mM1dropCaCl2
50.02 %(w/v)1dropNaCN
622.5 %(v/v)PEG15501reservoir
70.01 %1reservoirNaCN
83 mM1reservoirCaCl2
950 mMglycine-NaOH1reservoir
1ethanol dehydrogenase1drop0.005ml

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X31 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1989年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→25.7 Å / Num. obs: 41300 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.52 Å / 最低解像度: 25.7 Å / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Num. measured all: 109117 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化解像度: 2.6→12.5 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.274 1476 RANDOM
Rwork0.192 --
obs0.142 28304 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→12.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9074 0 52 106 9232
拘束条件タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.013
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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