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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fl5 | ||||||
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タイトル | THE UNLIGANDED GERMLINE PRECURSOR TO THE SULFIDE OXIDASE CATALYTIC ANTIBODY 28B4. | ||||||
要素 | (ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / catalytic antibody / germline antibody / sulfide oxidase | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Yin, J. / Mundorff, E.C. / Yang, P.L. / Wendt, K.U. / Hanway, D. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: A comparative analysis of the immunological evolution of antibody 28B4. 著者: Yin, J. / Mundorff, E.C. / Yang, P.L. / Wendt, K.U. / Hanway, D. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fl5.cif.gz | 176 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fl5.ent.gz | 145.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fl5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fl5_validation.pdf.gz | 460 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fl5_full_validation.pdf.gz | 490.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fl5_validation.xml.gz | 37.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fl5_validation.cif.gz | 52.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/1fl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/1fl5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The bioliogical assembly is constructed from chain L and H. Chains A and B contruct another biological unit related through non-crystallographic symmetry |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23789.566 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGHT CHAIN (CHAINS L AND A) / 変異: S25F, P40S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 抗体 | 分子量: 23386.072 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY CHAIN (CHAINS H AND B) / 変異: V12G, M34F, S35N, V37A, N53L, S76G, D95W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.9 詳細: 100 mM ammonium sulfate 50 mM sodium acetate 10% PEG 2000 MME, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 100 K / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 51231 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Num. unique all: 4849 / % possible all: 70.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 109371 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.07 Å / 最低解像度: 2.15 Å / % possible obs: 95.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 376700.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.89 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.226 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 39.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.318 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.256 |