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- PDB-1fl5: THE UNLIGANDED GERMLINE PRECURSOR TO THE SULFIDE OXIDASE CATALYTI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fl5
タイトルTHE UNLIGANDED GERMLINE PRECURSOR TO THE SULFIDE OXIDASE CATALYTIC ANTIBODY 28B4.
要素(ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / catalytic antibody / germline antibody / sulfide oxidase
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yin, J. / Mundorff, E.C. / Yang, P.L. / Wendt, K.U. / Hanway, D. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: A comparative analysis of the immunological evolution of antibody 28B4.
著者: Yin, J. / Mundorff, E.C. / Yang, P.L. / Wendt, K.U. / Hanway, D. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
履歴
登録2000年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4
H: ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4
A: ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4
B: ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5436
ポリマ－94,3514
非ポリマー1922
水4,936274
1
L: ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4
H: ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2723
ポリマ－47,1762
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
2
A: ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4
B: ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2723
ポリマ－47,1762
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.420, 69.650, 85.310
Angle α, β, γ (deg.)74.56, 80.18, 77.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The bioliogical assembly is constructed from chain L and H. Chains A and B contruct another biological unit related through non-crystallographic symmetry

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要素

#1: 抗体 ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4 / IF KAPPA LIGHT CHAIN


分子量: 23789.566 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGHT CHAIN (CHAINS L AND A) / 変異: S25F, P40S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR TO ANTIBODY 28B4 / IGG1 HEAVY CHAIN


分子量: 23386.072 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY CHAIN (CHAINS H AND B) / 変異: V12G, M34F, S35N, V37A, N53L, S76G, D95W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.9
詳細: 100 mM ammonium sulfate 50 mM sodium acetate 10% PEG 2000 MME, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 100 K / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMammonium sulfate11
250 mMsodium acetate11pH3.9
310 %PEG MME200011

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 51231 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Num. unique all: 4849 / % possible all: 70.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 109371
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.07 Å / 最低解像度: 2.15 Å / % possible obs: 95.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
精密化解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 376700.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 4037 10.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.238 51239 --
obs0.233 39790 87 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.89 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.05 Å2-0.26 Å2-3.87 Å2
2---8.55 Å22.95 Å2
3---5.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6638 0 10 274 6922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 542 10.1 %
Rwork0.256 4849 -
obs--70.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER_REP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 39.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.03
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.318 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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