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- PDB-1fl3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2) IN COMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fl3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2) IN COMPLEX WITH STILBENE HAPTEN AT 277K
要素
  • BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-HEAVY CHAIN
  • BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / positive regulation of immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(4-STYRYL-PHENYLCARBAMOYL)-BUTYRIC ACID / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Stevens, R.C. / Beuscher IV, A.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Blue-fluorescent antibodies.
著者: Simeonov, A. / Matsushita, M. / Juban, E.A. / Thompson, E.H. / Hoffman, T.Z. / Beuscher IV, A.E. / Taylor, M.J. / Wirsching, P. / Rettig, W. / McCusker, J.K. / Stevens, R.C. / Millar, D.P. / ...著者: Simeonov, A. / Matsushita, M. / Juban, E.A. / Thompson, E.H. / Hoffman, T.Z. / Beuscher IV, A.E. / Taylor, M.J. / Wirsching, P. / Rettig, W. / McCusker, J.K. / Stevens, R.C. / Millar, D.P. / Schultz, P.G. / Lerner, R.A. / Janda, K.D.
履歴
登録2000年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.percent_possible_obs
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-HEAVY CHAIN
L: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-LIGHT CHAIN
A: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-HEAVY CHAIN
B: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1826
ポリマ－90,5634
非ポリマー6192
水4,017223
1
H: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-HEAVY CHAIN
L: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5913
ポリマ－45,2822
非ポリマー3091
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
2
A: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-HEAVY CHAIN
B: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5913
ポリマ－45,2822
非ポリマー3091
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.930, 62.069, 93.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-HEAVY CHAIN


分子量: 21957.736 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01867*PLUS
#2: 抗体 BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2)-LIGHT CHAIN


分子量: 23323.854 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SPB / 4-(4-STYRYL-PHENYLCARBAMOYL)-BUTYRIC ACID / 5-OXO-5-({4-[(E)-2-PHENYLVINYL]PHENYL}AMINO)PENTANOIC ACID / N-(TRANS-4-STILBENYL)-5-AMINO-5-OXO-PENTANOIC ACID / 5-[[4-(2-フェニルエテニル)フェニル]アミノ]-5-オキソペンタン酸


分子量: 309.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG4000, magnesium chloride, sodium citrate, methionine, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→99 Å / Num. all: 36035 / Num. obs: 36035 / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 2.42→2.51 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Num. unique all: 2648 / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.45→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: maximum likelihood target using amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 999 -RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.1 33250 --
obs0.1 33250 95.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6364 0 46 223 6633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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