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- PDB-1fki: DESIGN, SYNTHESIS, AND KINETIC EVALUATION OF HIGH-AFFINITY FKBP L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fki
タイトルDESIGN, SYNTHESIS, AND KINETIC EVALUATION OF HIGH-AFFINITY FKBP LIGANDS, AND THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THEIR COMPLEXES WITH FKBP12
要素FK506 BINDING PROTEIN
キーワードCIS-TRANS ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding ...macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding / signaling receptor inhibitor activity / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / 'de novo' protein folding / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / FK506 binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / mTORC1-mediated signalling / Calcineurin activates NFAT / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of immune response / heart morphogenesis / supramolecular fiber organization / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel regulator activity / protein maturation / T cell activation / sarcoplasmic reticulum / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein folding / regulation of protein localization / protein refolding / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / : / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SB1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Holt, D.A. / Luengo, J.I. / Yamashita, D.S. / Oh, H.-J. / Konialian, A.L. / Yen, H.-K. / Rozamus, L.W. / Brandt, M. / Bossard, M.J. / Levy, M.A. ...Holt, D.A. / Luengo, J.I. / Yamashita, D.S. / Oh, H.-J. / Konialian, A.L. / Yen, H.-K. / Rozamus, L.W. / Brandt, M. / Bossard, M.J. / Levy, M.A. / Eggleston, D.S. / Stout, T.J. / Liang, J. / Schultz, L.W. / Clardy, J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1993
タイトル: DESIGN, SYNTHESIS, AND KINETIC EVALUATION OF HIGH-AFFINITY FKBP LIGANDS AND THE X-RAY CRYSTAL-STRUCTURES OF THEIR COMPLEXES WITH FKBP12.
著者: Holt, D.A. / Luengo, J.I. / Yamashita, D.S. / Oh, H.J. / Konialian, A.L. / Yen, H.K. / Rozamus, L.W. / Brandt, M. / Bossard, M.J. / Levy, M.A. / Eggleston, D.S. / Liang, J. / Schultz, L.W. / ...著者: Holt, D.A. / Luengo, J.I. / Yamashita, D.S. / Oh, H.J. / Konialian, A.L. / Yen, H.K. / Rozamus, L.W. / Brandt, M. / Bossard, M.J. / Levy, M.A. / Eggleston, D.S. / Liang, J. / Schultz, L.W. / Stout, T.J. / Clardy, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Atomic Structures of the Human Immunophilin Fkbp-12 Complexes with Fk506 and Rapamycin
著者: Van Duyne, G.D. / Standaert, R.F. / Karplus, P.A. / Schreiber, S.L. / Clardy, J.
履歴
登録1993年8月5日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FK506 BINDING PROTEIN
B: FK506 BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5484
ポリマ－23,6732
非ポリマー8752
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.310, 35.030, 44.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE UNIT CELL CONTAINS 4 MOLECULES WITH 2 MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT. THE TWO MOLECULES ARE VERY SIMILAR AND ARE RELATED BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS.

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要素

#1: タンパク質 FK506 BINDING PROTEIN


分子量: 11836.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62942
#2: 化合物 ChemComp-SB1 / (21S)-1AZA-4,4-DIMETHYL-6,19-DIOXA-2,3,7,20-TETRAOXOBICYCLO[19.4.0] PENTACOSANE / (21S)-4,4-ジメチル-6,19-ジオキサ-1-アザビシクロ[19.4.0]ペンタコサン-2,3,7,20-テト(以下略)


分子量: 437.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H39NO6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
31.6 Msodium/potassium phosphate1reservoir
1protein-drug complex1drop0.0015ml
2water1drop0.0015ml

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 11398 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 18931 / Rmerge(I) obs: 0.037

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→8 Å / Rfactor Rwork: 0.176 / Rfactor obs: 0.176
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 62 333 2437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.176 / Num. reflection obs: 10920
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 8.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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