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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fig | ||||||
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タイトル | ROUTES TO CATALYSIS: STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY AND COMPARISON WITH ITS NATURAL COUNTERPART | ||||||
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![]() | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-TSA / : / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Haynes, M.R. / Stura, E.A. / Hilvert, D. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Routes to catalysis: structure of a catalytic antibody and comparison with its natural counterpart. 著者: Haynes, M.R. / Stura, E.A. / Hilvert, D. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 402.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO L 8 2: VAL L 58 - PRO L 59 OMEGA =149.81 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: CIS PROLINE - PRO L 95 4: PRO L 119 - PRO L 120 OMEGA =216.92 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 5: CIS PROLINE - PRO L 141 / 6: CIS PROLINE - PRO H 9 7: SER H 75 - SER H 76 OMEGA =145.05 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 8: CIS PROLINE - PRO H 149 / 9: CIS PROLINE - PRO H 151 / 10: CIS PROLINE - PRO H 200 11: TSA IS THE TRANSITION STATE ANALOG HAPTEN USED TO ELICIT 1F7. |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23302.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23174.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-TSA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | TSA IS THE TRANSITION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 22.5 ℃ / pH: 7.25 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / Num. obs: 8660 / % possible obs: 95.8 % / Num. measured all: 19033 / Rmerge(I) obs: 0.086 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→12 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 19033 / Rfactor all: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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