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- PDB-1fi8: RAT GRANZYME B [N66Q] COMPLEXED TO ECOTIN [81-84 IEPD] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fi8
タイトルRAT GRANZYME B [N66Q] COMPLEXED TO ECOTIN [81-84 IEPD]
要素
  • (ECOTIN) x 2
  • NATURAL KILLER CELL PROTEASE 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / complex (serine protease-inhibitor) / protease substrate interactions / beta strand structure / chymotrypsin fold / granzyme B / ecotin / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / granzyme B / Pyroptosis / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / positive regulation of necroptotic process / natural killer cell mediated cytotoxicity / pyroptotic inflammatory response / serine-type peptidase activity / protein maturation ...Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / granzyme B / Pyroptosis / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / positive regulation of necroptotic process / natural killer cell mediated cytotoxicity / pyroptotic inflammatory response / serine-type peptidase activity / protein maturation / proteolysis involved in protein catabolic process / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / T cell mediated cytotoxicity / outer membrane-bounded periplasmic space / neuron apoptotic process / killing of cells of another organism / early endosome / negative regulation of translation / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / protein homodimerization activity / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ecotin, trypsin inhibitor / Ecotin, trypsin inhibitor / Ecotin / Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / Few Secondary Structures / Irregular ...Ecotin, trypsin inhibitor / Ecotin, trypsin inhibitor / Ecotin / Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Granzyme B / Ecotin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Waugh, S.M. / Harris, J.L. / Fletterick, R.J. / Craik, C.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The structure of the pro-apoptotic protease granzyme B reveals the molecular determinants of its specificity
著者: Waugh, S.M. / Harris, J.L. / Fletterick, R. / Craik, C.S.
履歴
登録2000年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NATURAL KILLER CELL PROTEASE 1
C: ECOTIN
D: ECOTIN
B: NATURAL KILLER CELL PROTEASE 1
E: ECOTIN
F: ECOTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8006
ポリマ－82,8006
非ポリマー00
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17410 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area29350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.64, 154.6, 57.24
Angle α, β, γ (deg.)90, 119.76, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細the biological assembly is the tetramer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 NATURAL KILLER CELL PROTEASE 1 / GRANZYME B


分子量: 25225.396 Da / 分子数: 2 / 変異: N66Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 解説: CYTOTOXIC LYMPHOCYTE GRANULES / プラスミド: PPICZAA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類)
参照: UniProt: P18291, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質 ECOTIN


分子量: 9528.733 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 28 - 111 / 変異: V81I, S82E, T83P, M84D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PTACTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23827
#3: タンパク質 ECOTIN


分子量: 6645.746 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 112 - 169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PTACTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23827
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: sodium acetate, PEGmme 2000, ammonium acetate,, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 5.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150-1500 mM1dropNaCl
25 mg/mlprotein1drop
3100 mMsodium acetate1reservoirpH5.8
4100 mMammonium sulfate1reservoir
525 %(w/v)PEG2000MME1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1851
2851
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSSRL BL9-111.08
シンクロトロンSSRL BL7-121.08
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年8月3日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1999年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35.8 Å / Num. all: 98218 / Num. obs: 98218 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.21→2.28 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique all: 48837 / % possible all: 90.7
反射
*PLUS
Num. obs: 48837 / Num. measured all: 121975
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS0.9精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.2→35.7 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
詳細: Crystal 1 data was used for initial molecular replacement and refinement. Crystal 2 data was given the same Rfree set and used for final refinement. Molecular replacement used 1AZZ and 1AUG.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1305 0.05 %5% of observed reflections
Rwork0.218 ---
obs0.222 25137 90.2 %-
all-27853 --
原子変位パラメータBiso mean: 43.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.42 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5268 0 0 370 5638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 35.7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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