+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fh5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF THE MONOCLONAL ANTIBODY MAK33 | ||||||
![]() | (MONOCLONAL ANTIBODY MAK33) x 2 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab / BiP | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Augustine, J.G. / de la Calle, A. / Knarr, G. / Buchner, J. / Frederick, C.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the fab fragment of the monoclonal antibody MAK33. Implications for folding and interaction with the chaperone bip. 著者: Augustine, J.G. / de La Calle, A. / Knarr, G. / Buchner, J. / Frederick, C.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 68.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 412 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 432.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-
要素
#1: 抗体 | 分子量: 23474.762 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 21460.160 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: na citrate, 16% PEG 8k, 16% glycerol 1.0 M NaCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→25 Å / Num. all: 21497 / Num. obs: 20143 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
| ||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 18312 / % reflection Rfree: 8 % | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.014 | ||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 2.97 Å / Rfactor Rfree: 0.329 / Rfactor Rwork: 0.281 |