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- PDB-1fg2: CRYSTAL STRUCTURE OF THE LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33 IN COMPLEX WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fg2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33 IN COMPLEX WITH THE MURINE CLASS I MHC MOLECULE H-2DB
要素
  • BETA-2 MICROGLOBULIN
  • H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
  • LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.754 Å
データ登録者Tissot, A.C. / Ciatto, C. / Mittl, P.R.E. / Gruetter, M.G. / Plueckthun, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Viral escape at the molecular level explained by quantitative T-cell receptor/peptide/MHC interactions and the crystal structure of a peptide/MHC complex.
著者: Tissot, A.C. / Ciatto, C. / Mittl, P.R. / Grutter, M.G. / Pluckthun, A.
履歴
登録2000年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
B: BETA-2 MICROGLOBULIN
C: LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33
D: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
E: BETA-2 MICROGLOBULIN
F: LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33
G: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
H: BETA-2 MICROGLOBULIN
I: LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33
J: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
K: BETA-2 MICROGLOBULIN
L: LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,81612
ポリマ－181,81612
非ポリマー00
水2,018112
1
A: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
B: BETA-2 MICROGLOBULIN
C: LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4543
ポリマ－45,4543
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
2
D: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
E: BETA-2 MICROGLOBULIN
F: LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4543
ポリマ－45,4543
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
3
G: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
H: BETA-2 MICROGLOBULIN
I: LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4543
ポリマ－45,4543
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
4
J: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
K: BETA-2 MICROGLOBULIN
L: LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4543
ポリマ－45,4543
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.527, 124.770, 99.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN / H-2D(B)


分子量: 32601.303 Da / 分子数: 4 / 断片: EXTRACELLULAR ALPHA CHAIN (1,2,3) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(D3) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(D3) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド
LCMV PEPTIDIC EPITOPE GP33


分子量: 1017.178 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: ammonium sulfate, PEG 4000, hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15.85 mg/mlprotein1drop
20.1 Mammonium sulfate1reservoir
320 %(w/v)PEG40001reservoir
40.1 MHEPES1reservoir
50.02 %(w/v)sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→29.9 Å / Num. all: 51494 / Num. obs: 51494 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.81 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / % possible all: 90.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.4 % / Num. unique obs: 3331 / Mean I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化解像度: 2.754→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.276 5197 random
Rwork0.236 --
all-51474 -
obs-51474 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.754→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12548 0 0 112 12660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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