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- PDB-1ffk: CRYSTAL STRUCTURE OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ffk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI AT 2.4 ANGSTROM RESOLUTION
要素
  • (RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 27
  • 23S RRNA
  • 5S RRNA
キーワードRIBOSOME / ribosome assembly / RNA-RNA / protein-RNA / protein-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea ...Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L32e, archaeal / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / : / Ribosomal protein L7Ae, archaea / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / : / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal protein L32 / Ribosomal_L32e / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7/L30 / Ribosomal protein L7Ae conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL43
類似検索 - 構成要素
生物種Haloarcula marismortui (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution.
著者: Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis
著者: Nissen, P. / Hansen, J. / Ban, N. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Placement of protein and RNA structures into a 5 A-resolution map of the 50S ribosomal subunit
著者: Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Capel, M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: A 9 A resolution X-ray crystallographic map of the large ribosomal subunit
著者: Ban, N. / Freeborn, B. / Nissen, P. / Penczek, P. / Grasucci, R.A. / Sweet, R. / Frank, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
履歴
登録2000年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: 23S RRNA
9: 5S RRNA
A: RIBOSOMAL PROTEIN L2
B: RIBOSOMAL PROTEIN L3
C: RIBOSOMAL PROTEIN L4
D: RIBOSOMAL PROTEIN L5
E: RIBOSOMAL PROTEIN L7AE
F: RIBOSOMAL PROTEIN L10E
G: RIBOSOMAL PROTEIN L13
H: RIBOSOMAL PROTEIN L14
I: RIBOSOMAL PROTEIN L15E
J: RIBOSOMAL PROTEIN L15
K: RIBOSOMAL PROTEIN L18
L: RIBOSOMAL PROTEIN L18E
M: RIBOSOMAL PROTEIN L19
N: RIBOSOMAL PROTEIN L21E
O: RIBOSOMAL PROTEIN L22
P: RIBOSOMAL PROTEIN L23
Q: RIBOSOMAL PROTEIN L24
R: RIBOSOMAL PROTEIN L24E
S: RIBOSOMAL PROTEIN L29
T: RIBOSOMAL PROTEIN L30
U: RIBOSOMAL PROTEIN L31E
V: RIBOSOMAL PROTEIN L32E
W: RIBOSOMAL PROTEIN L37AE
X: RIBOSOMAL PROTEIN L37E
Y: RIBOSOMAL PROTEIN L39E
Z: RIBOSOMAL PROTEIN L44E
1: RIBOSOMAL PROTEIN L6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,404,95836
ポリマ－1,404,42129
非ポリマー5377
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.660, 299.670, 573.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 09

#1: RNA鎖 23S RRNA


分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779
#2: RNA鎖 5S RRNA


分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779

+
RIBOSOMAL PROTEIN ... , 27種, 27分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1

#3: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L2 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2P / HMAL2 / HL4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 25237.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P20276
#4: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L3 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3P / HMAL3 / HL1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 37223.176 Da / 分子数: 1 / Mutation: GLU67 DELETION, TYR312 INSERTION / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P20279
#5: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L4 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4E / HMAL4 / HL6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 26443.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12735
#6: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L5 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5P / HMAL5 / HL13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 19420.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14124
#7: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L7AE / 30S RIBOSOMAL PROTEIN HS6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12600.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12743
#8: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L10E / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17231.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60617*PLUS
#9: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L13 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13P / HMAL13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16249.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P29198
#10: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L14 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14P / HMAL14 / HL27 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14216.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P22450
#11: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L15E / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23372.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60618*PLUS
#12: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L15 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15P / HMAL15 / HL9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17874.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12737
#13: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L18 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18P / HMAL18 / HL12 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 20509.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14123
#14: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L18E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18E / HL29 / L19 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12307.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12733
#15: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L19 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19E / HMAL19 / HL24 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16631.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14119
#16: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L21E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21E / HL31 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10436.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12734
#17: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L22 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22P / HMAL22 / HL23 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16835.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P10970
#18: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L23 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23P / HMAL23 / HL25 / L21 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9481.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12732
#19: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L24 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24P / HMAL24 / HL16 / HL15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13539.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P10972
#20: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L24E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24E / HL21/HL22 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7233.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14116
#21: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L29 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29P / HMAL29 / HL33 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7758.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P10971
#22: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L30 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30P / HMAL30 / HL20 / HL16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17062.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14121
#23: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L31E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31E / L34 / HL30 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10253.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P18138
#24: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L32E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32E / HL5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16223.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12736
#25: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L37AE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8085.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60619*PLUS
#26: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L37E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L37E / L35E / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6199.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P32410
#27: タンパク質・ペプチド RIBOSOMAL PROTEIN L39E / 50S RIBOSOMAL PROTEINS L39E / HL39E / HL46E / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 5994.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P22452
#28: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L44E / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L44E / LA / HLA / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10815.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P32411
#29: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L6 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6P / HMAL6 / HL10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 19830.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14135

-
非ポリマー , 4種, 13分子

#30: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#31: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#32: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#33: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.02 %
結晶化温度: 292 K / 手法: backextraction, 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: PEG 6000, KCl, NH4Cl, MgCl2, CdCl2, potassium acetate, Tris-MES, pH 5.8, backextraction, vapor diffusion, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCl11
2NH4Cl11
3MgCl211
4CdCl211
5potassium acetate11
6Tris-MES11
7PEG 600011
8PEG 600012
結晶化
*PLUS
pH: 7.1 / 手法: back-extraction, 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.2 M1reservoirKCl
20.5 M1reservoirNH4Cl
3100 mMKacetate1reservoir
430 mM1reservoirMgCl2
57 %PEG60001reservoir
615 mMTris1reservoir
715 mMMES1reservoir
81 mM1reservoirCdCl2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X2510.9
シンクロトロンAPS 19-ID21
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2000年2月25日
CUSTOM-MADE2CCD2000年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
211
反射解像度: 2.4→90 Å / Num. all: 666819 / Num. obs: 666819 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Num. unique all: 50941 / % possible all: 73.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 6089802
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71 % / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
TNT& CNS精密化
CNS位相決定
精密化解像度: 2.4→90 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: Engh & Huber, Parkinson et al.
詳細: Real-space refinement in TNT against experimental map followed by phase-restrained refinement in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 5661 1 %random
Rwork0.252 ---
all-666819 --
obs-577304 82.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.633 Å20 Å20 Å2
2--1 Å20 Å2
3---4.633 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→90 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3656 60612 7 6 64281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006422
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19599
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg28.81935
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.6862
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'TNT & CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 90 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 1 % / Rfactor obs: 0.252
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_deg1.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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