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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ff5 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF E-CADHERIN DOUBLE DOMAIN | ||||||
要素 | EPITHELIAL CADHERIN | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / E-cadherin / Ca-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uterine epithelium development / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / salivary gland cavitation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / RHO GTPases activate IQGAPs / Adherens junctions interactions / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of cell-cell adhesion / Integrin cell surface interactions ...uterine epithelium development / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / salivary gland cavitation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / RHO GTPases activate IQGAPs / Adherens junctions interactions / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of cell-cell adhesion / Integrin cell surface interactions / lateral loop / regulation of neuron migration / negative regulation of axon extension / cell-cell adhesion mediated by cadherin / regulation of protein localization to cell surface / trophectodermal cell differentiation / alpha-catenin binding / epithelial cell morphogenesis / flotillin complex / Schmidt-Lanterman incisure / bicellular tight junction assembly / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / intestinal epithelial cell development / node of Ranvier / protein metabolic process / catenin complex / negative regulation of protein processing / cell-cell junction assembly / negative regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction organization / apical junction complex / cochlea development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / microvillus / decidualization / canonical Wnt signaling pathway / establishment of skin barrier / axon terminus / synapse assembly / cytoskeletal protein binding / embryo implantation / protein tyrosine kinase binding / cell periphery / protein localization to plasma membrane / adherens junction / sensory perception of sound / cellular response to amino acid stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / negative regulation of epithelial cell proliferation / regulation of protein localization / cell-cell junction / apical part of cell / actin cytoskeleton organization / postsynapse / regulation of gene expression / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / in utero embryonic development / molecular adaptor activity / endosome / cadherin binding / protein domain specific binding / axon / glutamatergic synapse / calcium ion binding / Golgi apparatus / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.93 Å | ||||||
データ登録者 | Pertz, O. / Bozic, D. / Koch, A.W. / Fauser, C. / Brancaccio, A. / Engel, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999 タイトル: A new crystal structure, Ca2+ dependence and mutational analysis reveal molecular details of E-cadherin homoassociation. 著者: Pertz, O. / Bozic, D. / Koch, A.W. / Fauser, C. / Brancaccio, A. / Engel, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ff5.cif.gz | 103.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ff5.ent.gz | 78.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ff5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ff5_validation.pdf.gz | 375.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ff5_full_validation.pdf.gz | 388.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ff5_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ff5_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/1ff5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/1ff5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23919.590 Da / 分子数: 2 / 断片: DOUBLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: EPITHELIAL CELLS / プラスミド: PET 21 D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09803 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.92 Å3/Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50 mM ammonium sulfate, 50 mM NaOAc, 30% PEG 8000, pH 8.5, Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-20 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.93→20 Å / Num. all: 28520 / Num. obs: 28520 / % possible obs: 95.5 % / Rmerge(I) obs: 0.133 |
反射 | *PLUS Num. obs: 13451 / Num. measured all: 28520 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.93 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 81.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.93→20 Å / Rfactor all: 0.1986 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.93→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.01 |