+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fd7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER WITH BOUND LIGAND BMSC001 | ||||||
要素 | HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN | ||||||
キーワード | TOXIN / enterotoxin / receptor / ligand / B-pentamer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, E. / Merritt, E.A. / Pickens, J. / Ahn, M. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Exploration of the GM1 receptor-binding site of heat-labile enterotoxin and cholera toxin by phenyl-ring-containing galactose derivatives. 著者: Fan, E. / Merritt, E.A. / Zhang, Z. / Pickens, J.C. / Roach, C. / Ahn, M. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fd7.cif.gz | 233.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1fd7.ent.gz | 195 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fd7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/1fd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/1fd7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11807.539 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PROFIT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P32890 #2: 化合物 | ChemComp-AI1 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 5000, NaCl, Tris/HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 79747 / Num. obs: 79747 / % possible obs: 81.4 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Num. unique all: 6180 / % possible all: 75.7 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.8→20 Å / SU B: 3.174 / SU ML: 0.1 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|