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- PDB-1fcc: CRYSTAL STRUCTURE OF THE C2 FRAGMENT OF STREPTOCOCCAL PROTEIN G I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fcc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE C2 FRAGMENT OF STREPTOCOCCAL PROTEIN G IN COMPLEX WITH THE FC DOMAIN OF HUMAN IGG
要素
  • IGG1 MO61 FC
  • STREPTOCOCCAL PROTEIN G (C2 FRAGMENT)
キーワードCOMPLEX (ANTIBODY/ANTIGEN) / COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) / COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Sauer-Eriksson, A.E. / Kleywegt, G.J. / Uhlen, M. / Jones, T.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the C2 fragment of streptococcal protein G in complex with the Fc domain of human IgG.
著者: Sauer-Eriksson, A.E. / Kleywegt, G.J. / Uhlen, M. / Jones, T.A.
履歴
登録1995年1月17日処理サイト: BNL
改定 1.01995年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG1 MO61 FC
C: STREPTOCOCCAL PROTEIN G (C2 FRAGMENT)
B: IGG1 MO61 FC
D: STREPTOCOCCAL PROTEIN G (C2 FRAGMENT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3554
ポリマ－59,3554
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.600, 110.600, 160.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 374
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.700155, -0.700538, -0.138305), (-0.708564, 0.657833, 0.255398), (-0.087885, 0.276852, -0.956887)
ベクター: 75.59965, 34.53081, -13.57867)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED IN THIS ENTRY WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES OF THE OTHER MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT NOT PRESENTED IN THIS ENTRY.

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要素

#1: タンパク質 IGG1 MO61 FC


分子量: 23519.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HYBRIDOMA / 遺伝子: N-TERMINAL FRAGMENT OF / プラスミド: PEB2ZHIS GENE: N-TERMINAL FRAGMENT OF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01857
#2: タンパク質 STREPTOCOCCAL PROTEIN G (C2 FRAGMENT)


分子量: 6157.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus (バクテリア) / 属: Streptococcus / 細胞株: HYBRIDOMA / 遺伝子: N-TERMINAL FRAGMENT OF / プラスミド: PEB2ZHIS GENE: N-TERMINAL FRAGMENT OF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909
構成要素の詳細FIVE AMINO ACIDS DIFFER IN THEIR AMIDATION STATES AND TWO HAVE THE ALLOTYPIC MARKER: E119, M121.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.2 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Jancarik, J., (1991) J. Appl. Crystallogr., 24, 409.
溶液の組成
*PLUS
濃度: 10 mg/ml / 一般名: protein

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 12297 / % possible obs: 72 %
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 41581 / Rmerge(I) obs: 0.089

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.2→8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 --
Rwork0.289 --
obs0.289 12297 72 %
原子変位パラメータBiso mean: 41.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4180 0 0 0 4180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.04
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.56
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.89
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.56
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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