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万見
- PDB-2pqs: Crystal Structure of the Bovine Lactadherin C2 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pqs
タイトルCrystal Structure of the Bovine Lactadherin C2 Domain
要素Lactadherin
キーワードCELL ADHESION / C2 domain / lactadherin / membrane binding
機能・相同性
機能・相同性情報


acrosomal membrane / single fertilization / angiogenesis / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / EGF-like domain / Galactose-binding domain-like / Epidermal growth factor-like domain. ...: / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / EGF-like domain / Galactose-binding domain-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huang, M. / Furie, B.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the bovine lactadherin C2 domain, a membrane binding motif, shows similarity to the C2 domains of factor V and factor VIII.
著者: Lin, L. / Huai, Q. / Huang, M. / Furie, B. / Furie, B.C.
履歴
登録2007年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactadherin
B: Lactadherin
C: Lactadherin
D: Lactadherin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3814
ポリマ－72,3814
非ポリマー00
水2,144119
1
A: Lactadherin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0951
ポリマ－18,0951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lactadherin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0951
ポリマ－18,0951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lactadherin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0951
ポリマ－18,0951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lactadherin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0951
ポリマ－18,0951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.123, 107.788, 82.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Lactadherin / Milk fat globule-EGF factor 8 / MFG-E8 / MGP57/53 / PAS-6/PAS-7 glycoprotein / MFGM / Sperm surface ...Milk fat globule-EGF factor 8 / MFG-E8 / MGP57/53 / PAS-6/PAS-7 glycoprotein / MFGM / Sperm surface protein SP47 / BP47 / Components 15/16


分子量: 18095.232 Da / 分子数: 4 / 断片: C2 domain (Residues 270-427) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: MFGE8 / プラスミド: pPICz / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q95114
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG4K, 20% glycerol, 50 mM HEPES, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å
検出器検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 19426 / Num. obs: 19057 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 39.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→45.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1171545.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1169 3.1 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 38256 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.6315 Å2 / ksol: 0.339252 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.73 Å20 Å20 Å2
2---8.05 Å20 Å2
3---14.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5100 0 0 119 5219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.791.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.842.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 205 3.3 %
Rwork0.323 6091 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2lac2.par
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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