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- PDB-1fc6: PHOTOSYSTEM II D1 C-TERMINAL PROCESSING PROTEASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fc6
タイトルPHOTOSYSTEM II D1 C-TERMINAL PROCESSING PROTEASE
要素PHOTOSYSTEM II D1 PROTEASE
キーワードHYDROLASE / D1 C-terminal processing protease / serine protease / serine-lysine catalytic dyad / PDZ domain / photosystem II / photosynthesis / x-ray crystal structure
機能・相同性
機能・相同性情報


C-terminal processing peptidase / chloroplast thylakoid lumen / serine-type endopeptidase activity / signal transduction / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Transcription Regulator spoIIAA - #44 / C-terminal-processing peptidase S41A / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / Transcription Regulator spoIIAA / PDZ domain 6 / PDZ domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...Transcription Regulator spoIIAA - #44 / C-terminal-processing peptidase S41A / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / Transcription Regulator spoIIAA / PDZ domain 6 / PDZ domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / PDZ domain / Pdz3 Domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-terminal processing peptidase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Scenedesmus obliquus (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, treating MAD data as a special case of MIR / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liao, D.I. / Qian, J. / Chisholm, D.A. / Jordan, D.B. / Diner, B.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of the photosystem II D1 C-terminal processing protease.
著者: Liao, D.I. / Qian, J. / Chisholm, D.A. / Jordan, D.B. / Diner, B.A.
履歴
登録2000年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOSYSTEM II D1 PROTEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0201
ポリマ－41,0201
非ポリマー00
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.300, 64.450, 63.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-778-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PHOTOSYSTEM II D1 PROTEASE / D1 C-TERMINAL PROCESSING PROTEASE


分子量: 41019.566 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 77-464 / 変異: L132M, L210M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scenedesmus obliquus (植物) / プラスミド: PET-32(A)-D1P(+AM) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYS(MET-) / 参照: UniProt: O04073
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 4000, isopropanol, HEPES, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.5 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
31 mMphenylboronic acid1drop
417-18 %(w/v)PEG40001reservoir
510 %(v/v)isopropanol1reservoir
60.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 102 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9946
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 258532 / Num. obs: 35489 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.28 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Num. unique all: 1737 / % possible all: 99
反射
*PLUS
Num. measured all: 258532

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, treating MAD data as a special case of MIR
解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: TNT library, Bond lengths 0.02 bond angles 3.00
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 3520 -
Rwork0.168 --
all-35489 -
obs-35171 99.1 %
溶媒の処理溶媒モデル: Method implemented in the refinement program TNT
Bsol: 248.14 Å2 / ksol: 0.86085 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2853 0 0 352 3205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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