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- PDB-1fbv: STRUCTURE OF A CBL-UBCH7 COMPLEX: RING DOMAIN FUNCTION IN UBIQUIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fbv
タイトルSTRUCTURE OF A CBL-UBCH7 COMPLEX: RING DOMAIN FUNCTION IN UBIQUITIN-PROTEIN LIGASES
要素
  • SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CBL
  • UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E12-18 KDA UBCH7
  • ZAP-70 PEPTIDE
キーワードLIGASE / cbl / ubch7 / ZAP-70 / E2 / ubiquitin / E3 / phosphorylation / tyrosine kinase / ubiquitination / protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell aggregation / regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / cell cycle phase transition / regulation of Rap protein signal transduction / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding ...T cell aggregation / regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / cell cycle phase transition / regulation of Rap protein signal transduction / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / beta selection / positive thymic T cell selection / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Regulation of KIT signaling / cellular response to glucocorticoid stimulus / positive regulation of T cell differentiation / T cell receptor complex / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Interleukin-6 signaling / cellular response to steroid hormone stimulus / mast cell degranulation / response to starvation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / response to testosterone / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / ubiquitin conjugating enzyme activity / B cell activation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / T cell differentiation / protein monoubiquitination / ubiquitin ligase complex / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / protein autoubiquitination / T cell migration / ephrin receptor binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / phosphotyrosine residue binding / FLT3 signaling by CBL mutants / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / positive regulation of calcium-mediated signaling / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / T cell activation / peptidyl-tyrosine phosphorylation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / positive regulation of protein ubiquitination / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / response to activity / response to gamma radiation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Regulation of signaling by CBL / Negative regulation of FGFR3 signaling / non-specific protein-tyrosine kinase / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Regulation of TNFR1 signaling / EGFR downregulation / calcium-mediated signaling / Spry regulation of FGF signaling / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Negative regulation of MET activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / receptor tyrosine kinase binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of necroptotic cell death / protein modification process / SH3 domain binding / male gonad development / cytokine-mediated signaling pathway / protein polyubiquitination / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / ubiquitin-protein transferase activity / cell-cell junction / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / growth cone / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein tyrosine kinase activity / response to ethanol / cellular response to hypoxia / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell population proliferation / protein phosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / intracellular signal transduction
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Prokaryotic RING finger family 4 / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / UBA/TS-N domain / : / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / UBA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Herpes Virus-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / : / EF-hand / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Recoverin; domain 1 / Ring finger / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Zinc finger RING-type profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Tyrosine-protein kinase ZAP-70 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zheng, N. / Wang, P. / Jeffrey, P.D. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Structure of a c-Cbl-UbcH7 complex: RING domain function in ubiquitin-protein ligases.
著者: Zheng, N. / Wang, P. / Jeffrey, P.D. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2000年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CBL
B: ZAP-70 PEPTIDE
C: UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E12-18 KDA UBCH7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,33010
ポリマ－63,7193
非ポリマー6117
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area26060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219, 219, 219
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CBL


分子量: 44813.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22681
#2: タンパク質・ペプチド ZAP-70 PEPTIDE


分子量: 1015.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED / 参照: UniProt: P43403*PLUS
#3: タンパク質 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E12-18 KDA UBCH7


分子量: 17889.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68036, ubiquitin-protein ligase
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.87 Å3/Da
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Sodium Citrate, Ammonium Sulfate,, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5
詳細: c-Cbl:UbcH7:ZAP-70=1:1:3 at a molar ratio in a solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
127 mg/mlc-Cbl1drop
232 mg/mlUbcH71drop
340 mg/mlZAP-701drop
420 mM2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid1drop
5150 mM1dropNaCl
65 mMdithiothreitol1drop
7100 mMsodium citrate1reservoir
81.9-2.1 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 38512 / % possible obs: 96.8 % / Num. measured all: 156681 / Rmerge(I) obs: 0.062

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.9→15 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数
Rfree0.262 -
Rwork0.227 -
all-38512
obs-156681
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4340 0 27 0 4367
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 34351 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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