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- PDB-1fbi: CRYSTAL STRUCTURE OF A CROSS-REACTION COMPLEX BETWEEN FAB F9.13.7... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fbi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CROSS-REACTION COMPLEX BETWEEN FAB F9.13.7 AND GUINEA-FOWL LYSOZYME
要素
  • GUINEA FOWL LYSOZYME
  • IGG1 F9.13.7 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG1 F9.13.7 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードCOMPLEX (ANTIBODY/ANTIGEN) / COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) / COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding ...phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme ...: / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysozyme C / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-1 chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Numida meleagris (ホロホロチョウ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lescar, J. / Alzari, P.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of a cross-reaction complex between Fab F9.13.7 and guinea fowl lysozyme.
著者: Lescar, J. / Pellegrini, M. / Souchon, H. / Tello, D. / Poljak, R.J. / Peterson, N. / Greene, M. / Alzari, P.M.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structures of Pheasant and Guinea-Fowl Egg-White Lysozymes
著者: Lescar, J. / Souchon, H. / Alzari, P.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: Crystallization, Preliminary X-Ray Diffraction Study, and Crystal Packing of a Complex between Anti-Hen Lysozyme Antibody and Guinea-Fowl Lysozyme
著者: Lescar, J. / Riottot, M.-M. / Souchon, H. / Chitarra, V. / Bentley, G. / Navaza, J. / Alzari, P. / Poljak, R.
履歴
登録1995年1月19日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG1 F9.13.7 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG1 F9.13.7 FAB (HEAVY CHAIN)
X: GUINEA FOWL LYSOZYME
P: IGG1 F9.13.7 FAB (LIGHT CHAIN)
Q: IGG1 F9.13.7 FAB (HEAVY CHAIN)
Y: GUINEA FOWL LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5946
ポリマ－123,5946
非ポリマー00
水00
1
L: IGG1 F9.13.7 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG1 F9.13.7 FAB (HEAVY CHAIN)
X: GUINEA FOWL LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7973
ポリマ－61,7973
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
P: IGG1 F9.13.7 FAB (LIGHT CHAIN)
Q: IGG1 F9.13.7 FAB (HEAVY CHAIN)
Y: GUINEA FOWL LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7973
ポリマ－61,7973
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.700, 195.500, 50.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 95 / 2: CIS PROLINE - PRO L 141 / 3: CIS PROLINE - PRO H 156 / 4: CIS PROLINE - PRO H 158 / 5: CIS PROLINE - PRO H 198 / 6: CIS PROLINE - PRO P 95 / 7: CIS PROLINE - PRO P 141 / 8: CIS PROLINE - PRO Q 41 / 9: CIS PROLINE - PRO Q 156 / 10: CIS PROLINE - PRO Q 158 / 11: CIS PROLINE - PRO Q 198

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要素

#1: 抗体 IGG1 F9.13.7 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23833.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 IGG1 F9.13.7 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23634.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01868
#3: タンパク質 GUINEA FOWL LYSOZYME


分子量: 14329.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Numida meleagris (ホロホロチョウ)
参照: UniProt: P00704, lysozyme
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Lescar, J., (1993) Proteins.Struct.,Funct., Genet., 15, 209.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 %(w/v)PEG80001reservoir
20.04 %sodium azide1reservoir
30.1 Mpotassium phosphate1reservoir
410 mMmagnesium chloride1reservoir
53 %(v/v)2-propanol1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 28224 / % possible obs: 95 %
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. obs: 30232 / Num. measured all: 111931 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rmerge F obs: 1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3→7 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.19 -
obs0.19 23703
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8521 0 0 0 8521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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